| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 743,978 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 743,978 | 0 | A | T | 99.7% | 681.8 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 743,979 | 0 | G | C | 100.0% | 681.8 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (136/152); total (136/152) | |||||||||||
| * | CP042583 | 743,980 | 0 | C | G | 100.0% | 685.3 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (136/152); total (136/152) | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
GCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGT‑GGTAGTAGC‑G‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTAGCGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGAGTTTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAGACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCTTCAA > CP042583/743699‑744258 ||| aCAAACCGTTGAGGCGCCGAGGGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGT‑GGTTCATCG‑G‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGaa < 1:2149584/288‑1 (MQ=255) aCAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCGGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGT‑GGTTCATCG‑G‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGaa < 1:1667019/288‑1 (MQ=255) cAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGT‑GGTTCATCG‑G‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACa < 1:900300/289‑1 (MQ=255) ccGTTGAAGCGCCGGAGGGGGTTGGGCGTGAATGGATTTTAATGGATTAGGCAGGCGGTAAAGTGCAGGCGGAGGGCAATGCGGATGGGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCGATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGT‑GGTTCATCG‑G‑TAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAgg < 2:1839852/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |