| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 439,420 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 439,420 | 0 | A | T | 100.0% | 600.4 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 439,421 | 0 | G | C | 99.6% | 595.2 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (125/123); minor base A (1/0); total (126/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 439,422 | 0 | T | A | 100.0% | 600.3 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (126/123); total (126/123) | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TTGCCGCCATTGCACCGACAAAACTGACCTATAAAAACGGCGTACTGATTGCCAGTATTATCAGCTTGCTGATCTGCCCGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTAGTGTAACTCTGGTGGCCGTTATTTTATCTCTTGGCGGTAAGTTTATTCACTTTATGGAACCGTTAAGCCGTGTTAGTTGGTTTGTCGGCGTCATCGTCGCCTTTGCGGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAA > CP042583/439148‑439699 ||| ttGCCGCCATTGCACCGACAAAACTGACCTATAAAAACGGCGTACTGATTGCCAGTATTATCAGCTTGCTGATCTGCCCGTGGAAATTAATGGAAAATCAGGACAGCATTTATCTTTTCCTCGATATTATCGGCGGAATGCTTGGTCCGGTAATTGGTGTCATGATGGCGCATTATTTTGTGGTGATGCGCGGACAAATTAATCTTGATGAACTGTATACCGCACCTGGCGATTATAAATATTACGATAACGGTTTTAACCTCACTGCGTTTTCAGTAACTCtggt < 2:753651/286‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |