| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 747,422 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 747,422 | 0 | A | T | 99.5% | 450.2 / ‑5.8 | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (84/106); minor base C (1/0); total (85/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,423 | 0 | G | C | 99.0% | 435.8 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (83/105); total (85/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 747,424 | 0 | C | G | 99.5% | 445.2 / NA | 192 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (83/107); total (85/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
CCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGC‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTACG‑TAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑AGTAGC‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGA > CP042583/747153‑747700 ||| ccACGCGTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGggcgg > 1:1873055/1‑289 (MQ=255) cACGCGTATAGGCGAGAAACGGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTACTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGggcgg < 1:1439519/288‑1 (MQ=255) cgcgTATAGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTg < 1:2125857/289‑1 (MQ=255) ggTATAGGCGGGAGACTGTCACTGGAAGATCGCGGTGGTGGCTATAGGCTGGTGCTGGAGAGCGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGGTGGGATTCGTTAGGCTGCCGTTGCTGGCGTGGGTCGCCCAGTCG‑CCGATTAGCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTgg < 2:1821085/287‑1 (MQ=255) taGGCGAGAAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGAt < 2:630805/289‑1 (MQ=255) gaAACTGTCACTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGGGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGAt < 1:452976/288‑1 (MQ=255) gtcacTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGTCG‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTa > 1:2207158/5‑289 (MQ=255) 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tCTGACCTCGCGCCGCACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGTACTTTACCGGTGGTATTTCAATCAGCAAACCTTCCCGGCTg > 2:437432/1‑289 (MQ=255) gcgccgcACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGc > 1:1697014/2‑289 (MQ=255) cgccgcACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATATATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCa > 2:2132961/1‑289 (MQ=255) gcACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACgg < 1:1426680/289‑1 (MQ=255) gcACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACgg < 2:227929/289‑1 (MQ=255) gcACCGTACG‑TTCGCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑TCATCG‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACgg < 1:2159049/289‑1 (MQ=255) ||| CCACGCGTATAGGCGAGAAACTGAGTCTGAAAGAACTCGGTCGTGACTATAAGCTGGTGCTGAAGAACGGCCGCTTTGTGGCGGGGGCGCTGGCGCTGGGATTCGTTAGTCTGCCGTTGCTGGCGTGGATCGCCCAGAGC‑CCGATTATCATCATTACCGGCGAGCAGTTGAGCAGCTATGAATATGGCTTGCTGCAAGTGCCTATTTTCGGGGCGTTAATTGCGGGTAACTTGCTGTTAGCGCGTCTGACCAGCCGCCGCACCGTACG‑TAGCCTGATTATTATGGGCGGCTGGCCGATTATGATTGGTCTATTGGTCGCTGCTGCGGCAACGGTTATC‑AGTAGC‑CACGCGTATTTATGGATGACTGCCGGGTTAAGTATTTATGCTTTCGGTATTGGTCTGGCGAATGCGGGACTGGTGCGATTAACCCTGTTTGCCAGCGATATGAGTAAAGGTACGGTTTCTGCCGCGATGGGAATGCTGCAAATGCTGATCTTTACCGTTGGTATTGAAATCAGCAAACATGCCTGGCTGAACGGGGGCAACGGA > CP042583/747153‑747700 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |