Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 464,399 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 464,399 | 0 | A | T | 99.3% | 340.8 / ‑3.7 | 143 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (71/71); minor base . (0/1); total (71/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 464,400 | 0 | C | G | 99.3% | 335.2 / NA | 143 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (69/72); total (71/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 464,401 | 0 | T | A | 100.0% | 342.2 / NA | 143 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (71/72); total (71/72) |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
ACCTGCTGGCTCTGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATACTATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTAACTGTTTTATTGCTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTACTACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAGCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAA > CP042583/464128‑464680 ||| aCCTGCTGGCTCTGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGTGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCtt > 2:1714887/1‑289 (MQ=255) aCCTGCTGGCTCTGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCaa < 2:640632/280‑1 (MQ=255) aCCTGCTGGCTCTGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCaa > 1:640632/1‑280 (MQ=255) aCCTGCTGGCTCTGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAAGTTAAGGCAAACCTAGCtt > 2:2023724/1‑289 (MQ=255) aCCTGCTGGCTCTGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCACCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCtt > 1:594077/1‑289 (MQ=255) ccTGCTGGCTCTGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAACGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCtt > 2:195070/1‑288 (MQ=255) ctgGCTCTGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCAt > 1:1445737/1‑289 (MQ=255) tgGCTCTGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATa < 1:1714887/289‑1 (MQ=255) gggCGCTGGATGATCCCGAAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCAt < 2:2181907/287‑1 (MQ=255) tctGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAata > 1:2215026/1‑289 (MQ=255) tGGATGATCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTATTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATAtt > 2:2194942/1‑289 (MQ=255) atCCCGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGAttt > 1:1796845/1‑289 (MQ=255) cccGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTAt > 1:1244775/1‑289 (MQ=255) cGCAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATgc > 2:873489/1‑289 (MQ=255) cAATGGCACAAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATgcgc > 1:1743545/1‑289 (MQ=255) acaAACCGTCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTAAc < 1:1251940/288‑1 (MQ=255) tCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTaa < 1:1875778/279‑1 (MQ=255) tCGCCATCGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTaa > 2:1875778/1‑279 (MQ=255) aggcaacGAATTACGTAATAGCGATCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGGGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTAACTGTTTTATTg < 2:1743545/283‑1 (MQ=255) 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aTCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTAACTGTTTTATTGCt < 1:1912996/268‑1 (MQ=255) aTCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTAACTGTTTTATTGCTAAGTAATAACTTATCGGCAAt > 1:1530488/1‑289 (MQ=255) tCGCTCCCGGCTCGCACTGGGGGAGGCGAGCCCGACTGAGGAAGTAGATGCAAATGGCAATGTCACACTAAACTTTTTTGCCAATTATCGAGCGTTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTAACTGTTTTATTGCTAAGTAATAACTTATCGGCAAtt > 1:490786/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |