Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 464,552 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 464,554 | 0 | T | A | 100.0% | 433.6 / NA | 180 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (107/73); total (107/73) |
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TTAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATACTATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTAACTGTTTTATTGCTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTACTACTATTCGTACTACATTTATTGCTTTTTATATAGTTAAGCGTTTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCACTTTTGCTACTTAAAAATAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAA > CP042583/464286‑464833 ||| tAGCCAGCGGTGTTCGGCCAGGTGTGGCGAAAGCGGATGCGATATTTATGATCAATTATAATTAATATTATATTAATTCGTATAATTTGGCGTAGTCGATAAGCTCTACAATTGAATGCAAACCTAGCTTGCCATAAATATTAGATTTATGCGCACTAACTGTTTTATTGCTAAGTAATAACTTATCGGCAATTTCTTTATTAGATAATCCGCTAACCAGATAACGTAATATGGTCACTTCACGATTAGATAGCACAGTGACCGTTGAACTATTCGTACTACATTTAtt > 2:676161/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |