| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 752,573 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 752,573 | 0 | G | C | 99.4% | 762.6 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (163/159); total (165/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 752,574 | 0 | C | G | 99.7% | 763.5 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (165/160); total (165/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 752,575 | 0 | T | A | 100.0% | 777.2 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (165/161); total (165/161) | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
CGCCAGCACCGACCAGAACCGGTGTGCTCGTCATAGAGCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGGCTTACGACTAAAACGCCAATGGAATTACCCAGTTGGATGCTACCAAGTCGTAACTTTCCGAGACATAGCCCAAGCGCGAGGACCACAAATAATAACAGAATGTAATTCCCATTTAACAATTCGGCGACGTTTATATTCACGGAGGCTAACTTCTTGTTTACTAGTAAGCTGTTGAAAGAAATGGTAATTTACGATAATGTTTTTTACCAGAATTCAGGGCGCAGATTCATTCAGCGCACCTAAACGATAGTAAAGTAACAATATATTTTACTAGTGTAAT > CP042583/752296‑752853 ||| gCACCGACCAGAACCGGTGTCGACGTCATAGAGCCTGCTAACATACCGGCCGTCAGGCCAATATCCCAGCCAAACAGCTTACCTAACCCTAAGGCGATCACCAGCGCACTGCCAACCATCACCAGTGCTAACATTAGGTAATTTTTCCCATCGCGAAAAAAAATGGAAAAAAAGTTCGGTCCGGCTTCGACCCCGACGCAGAAAATAAACAGCATAAAGCCAAGATTAAGCGCATCGGTGTTAATGCTGAAATGTTGTTGGCCTAATAACAGCGATACGACTAAAACg > 1:1055782/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |