| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 758,698 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 758,698 | 0 | A | T | 100.0% | 667.5 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 758,699 | 0 | G | C | 99.3% | 648.4 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (140/137); total (140/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 758,700 | 0 | C | G | 99.6% | 659.2 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (139/139); minor base T (1/0); total (140/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GCTGGATAAAAAGCTGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAA‑ACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTT > CP042583/758421‑758978 ||| ggtgaacaaGCGGCGTGACATTATGCGGCTGGGAAGCGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGGTTGTCACCCACGAACAGGAAGAGGCGATGGGCATGGCGGTGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAAATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGt < 2:1191743/281‑1 (MQ=255) 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gCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTTCGGTGTATCACGtt < 2:204399/203‑1 (MQ=255) gTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGCTACCGTGCCGTTACATGTGGCGCTGCCCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGGGCCCCCCCCCAATGGTTGTAACTTCCCGGTGGGGGAGGGGATACACATTCCTTATCCCGCCCACCTTTCGTTGTTTCCCGTTGGTCGGAAAAGTGGGACGCTGATTAGCGCCCAGCTCCAAC‑ACTCCCATCGCCATGCTAACGGGTTACCTA‑CTGGGgcggcggactggcgtt > 2:1272568/1‑279 (MQ=255) gCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAA‑ACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGttt < 2:576531/288‑1 (MQ=255) ||| GCTGGATAAAAAGCTGCGTGACAGGATGCAGCTTGAAGTGGTGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAA‑ACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTT > CP042583/758421‑758978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |