| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 758,740 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 758,740 | 0 | A | T | 98.6% | 651.0 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (135/141); minor base C (3/1); total (141/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 758,741 | 0 | G | C | 99.3% | 654.3 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (138/142); minor base A (1/1); total (141/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 758,742 | 0 | C | G | 100.0% | 674.0 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (141/143); total (141/143) | |||||||||||
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAG > CP042583/758462‑759019 ||| tggATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGAGGGCCTGGGGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGACAGTCGACGCGGGTGCCTCGGTGGTCgg > 2:349714/1‑288 (MQ=255) tatTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGGTGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATaa < 1:646581/288‑1 (MQ=255) tatTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATaa < 1:1814024/288‑1 (MQ=255) atTCTGGGGCGGGTAGGTGTGACTTGTGTGTTGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGACAGTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGACCCGGAAGAGATCTACTAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACg < 2:1887852/289‑1 (MQ=255) 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tGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGcc < 1:1361525/289‑1 (MQ=255) gAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCg < 1:1080816/288‑1 (MQ=255) gggcgTCGGTGTGACTGGGGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGt < 2:103913/286‑1 (MQ=255) 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cgcgGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCCCGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAACTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAACGGGTTACCGACCTGGGGGCACGAAGTGCGTTTGGGCCGGGAAGGGGACAGCTGGTGGGTGCTGACGGGTTaa > 2:1203712/1‑289 (MQ=255) gcgGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAg < 1:1664990/289‑1 (MQ=255) ||| TGGATATTCTGGAGCGCGTCGGTGTGACTTGTGTGATGGTCACCCACGATCAGGAAGAGGCGATGACCATGGCGGGGCGCATCGCCATTATGAATCGTGGGAAATTTGTCCAGATTGGCGAACCGGAAGAGATCTACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGATCTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAG > CP042583/758462‑759019 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |