| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 758,872 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 758,872 | 0 | A | T | 98.9% | 620.6 / ‑6.2 | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (128/136); minor base C (3/0); total (132/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 758,873 | 0 | G | C | 98.9% | 609.0 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base C (127/135); total (132/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 758,874 | 0 | C | G | 99.2% | 619.5 / NA | 268 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (129/135); minor base T (2/0); total (132/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAGGAGCAAAGATGAGTACACTTGAACCTGCTGCCCAGAGCAAACCGCCGGGCGGATTTAAGCTGTGGTTGAGCCAGCTGCAAATGAAGCATGGGCGCAAACTGGTCATTGCGTTGCCATATATCTGGTTGATCTT > CP042583/758596‑759152 ||| cGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGtt < 2:195975/289‑1 (MQ=255) aTCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTACACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCt < 1:1713324/289‑1 (MQ=255) tCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTg > 1:1883695/1‑289 (MQ=255) ccGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCTCGGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATTCGCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCTCGGTGGTCGCTAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGATGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGCGGTGGTACACATTGCCCATCTCGGCCA‑T‑CTTTCGGTTTATCACGTTCTTCAGa > 2:1027700/1‑289 (MQ=255) 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tcGGCGA‑T‑CTTTCGGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAGGAGCAAAGATGAGTACACTTGAACCTGCTGCCCAGTCGAAACCGCCGGGCGGATTTAAGCTGTGGTTGTCGCAGCTGCAAATGAAGCa > 1:214260/1‑247 (MQ=255) ||| TACGAGCATCCGACTACCCGCTATAGCGCCGAATTTATTGGCAGCGTAAACGTCTTTGAAGGCGTACTCAAAGAGCGTCAGGAAGATGGCCTGGTGCTTGATAGCCCGGGGCTGGTGCATCCACTGAAAGTCGACGCGGATGCCAGCGTGGTCGATAACGTGCCGGTACATGTGGCGCTGCGCCCGGAAAAAATCATGCTTTGCGAAGAGCCGCCCGCCAATGGTTGTAACTTCGCGGTGGGGGAGGTGATACACATTGCCTATCTCGGCGA‑T‑CTTAGCGTGTATCACGTTCGTCTGAAAAGTGGGCAGATGATTAGCGCCCAGCTACAAAACGCCCATCGTCATCGTAAAGGGTTACCGACCTGGGGCGACGAAGTGCGTTTGTGCTGGGAAGTGGACAGCTGTGTGGTGCTGACGGTTTAAGGAGCAAAGATGAGTACACTTGAACCTGCTGCCCAGAGCAAACCGCCGGGCGGATTTAAGCTGTGGTTGAGCCAGCTGCAAATGAAGCATGGGCGCAAACTGGTCATTGCGTTGCCATATATCTGGTTGATCTT > CP042583/758596‑759152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |