| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 759,454 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 759,454 | 0 | A | T | 100.0% | 611.7 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (125/130); total (125/130) | |||||||||||
| * | CP042583 | 759,455 | 0 | G | C | 98.8% | 604.8 / ‑5.6 | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (122/130); minor base A (3/0); total (125/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 759,456 | 0 | C | G | 100.0% | 602.2 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (125/130); total (125/130) | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
ATTGTCTTTAAAATAAGCCTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGAGCCTACAGGTGGCTGCGATTAGCACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTAGCACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGAGCTGGACCAGCTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATT‑AAAAAACAACGGTGTGCTGAATAATTTTCTGCTGTGGCTGGGGGTTATCGATCAACCGCTGACCATTCTGCATACCAATCTGGCCGTTTATATCGGCATTGTTTACGCTTACGTGCCGTTTATGGTACTGCCGATTTATACCGCGTTGATTCGTATTGATTATAGCCTGGTGGAAGCAGCGCTGGATCTCGGTGCACGACCGCTGAAAACGTTCTTTACTGTGATCGTGCCGCTG > CP042583/759175‑759735 ||| aTTGGCTTTAAAATAAGCCTGGGGGGGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGGTGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGAcct < 2:2044695/289‑2 (MQ=255) ttGTCTTTAAAATAAGCCTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGAcctc > 2:683706/1‑287 (MQ=255) ttGTCTTTAAAATAAGCCTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGAcct < 2:1642082/288‑2 (MQ=255) cTTTAAAATAAGCCTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGAcctcgttt > 1:1560558/1‑283 (MQ=255) aaaTAAGCCTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGAt < 1:23230/289‑1 (MQ=255) aGCCTGGCGGAGATGGCGCGCGCTATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCcgcg > 2:1710603/1‑289 (MQ=255) cTGGCGGGGATGGCGCGCCCTATTCACCCTTTTACCGAACTGCTGGCGTGGGCTCACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGtt < 2:559739/288‑1 (MQ=255) 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tATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATT‑a < 1:1964094/289‑1 (MQ=255) tATTCCACCTTATACCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATT‑a < 1:985/289‑1 (MQ=255) tataCCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATT‑AAAAAACAACg > 1:1074571/1‑289 (MQ=255) tataCCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATT‑AAAAAACAACg > 1:1808058/1‑289 (MQ=255) tataCCGAACTGAGTGAGTGGGCTGACGGCCAACTGTCCATCACTCTTACTCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGATGCTTATCTCCAGTCGCTACAGGTGGCTGCGATTTCGACATTTTGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCACAGTAAGCCTTCGACCCGTAATATTTTATTACTACTGGTGATCCTGCCGTCGTGGACCTCGTTTCTGATCCGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATT‑AAAAAACAACg < 2:2174601/289‑1 (MQ=255) taCCGAACTGATGGAGTGGGCTGACGGGCAACTGTCCATCACTCTTAATCTCGGTAATTTTCTGCAACTGACCGACGATCCGCTCTATTTCGCTGCTTATCTCCAGTCGCTACAGCAGGCTGCGCTTTCGACATTTAGCTGTTTACTGATCGGCTATCCGCTGGCGTGGGCGGTGGCGCCCTGTAAGCCTGCGACCAGTCATATTTTTTTACTACTGTTGATCCTGCAGTAGTGTACCTCGTTTCTTCTCTGCGTTTATGCCTGGATGGGAATATT‑AAAAAACAACCgt > 2:1293722/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |