Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 761,556 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 761,556 | 0 | A | T | 99.0% | 711.0 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 761,557 | 0 | G | C | 99.3% | 699.2 / ‑6.0 | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (153/143); minor base T (1/1); total (154/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 761,558 | 0 | T | A | 99.3% | 709.9 / NA | 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (153/144); minor base G (0/2); total (154/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
ATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCAGCACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGAC‑TTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAT‑GGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTG > CP042583/761280‑761837 ||| ccTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGAC‑TTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAgg > 2:1658867/1‑289 (MQ=255) aGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGAC‑TTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaataa < 2:251323/287‑1 (MQ=255) gCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGAC‑TTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAg > 2:1258253/1‑288 (MQ=255) gCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCTCGACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGAC‑TTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAg > 1:1583657/1‑288 (MQ=255) 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tgtATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGAC‑TTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAT‑GGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCagaaga > 1:1817761/1‑286 (MQ=255) tataATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGAC‑TTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAT‑GGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCttt > 1:672349/1‑289 (MQ=255) tataATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGAC‑TTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAT‑GGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACAACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCttt > 1:1897712/1‑289 (MQ=255) 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ATAGCCTGATGCTGCAGAAGCTGCCGGATATGCTCATCCTGATGCTGCTGTTCGTTCCCAGCACCAGTCGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGAC‑TTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGAGTGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAT‑GGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTATGCTGCATCGCGATGGCACACCAGAAGACCTTTGTGACTGCCCGCTTTATCCTGCCAGTTTTGCGCCCGTTTTTGCGGCGCTAAAACCGTTTATCGCCCGAGCGGGGTTAACGCCCTACAACGTGGCGCGTAAGCGTGGCGAACTGAAATACATTCTGCTGACTGAAAGCCAGAGTGATGGAGGCATGATGCTGCGCTTTGTACTG > CP042583/761280‑761837 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |