Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 762,204 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 762,204 | 0 | A | T | 99.7% | 669.4 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 762,205 | 0 | G | C | 99.7% | 671.7 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (165/117); minor base T (1/0); total (166/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 762,206 | 0 | T | A | 99.3% | 667.1 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (166/114); minor base G (0/2); total (166/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
GTCAATATTCAGCCGGTACATATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCAAGTGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGAGTGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCAGTACGATGGCACCGCGTTTTATCATCTACTCCAGCTGTAACGCCCAAACTATGGCGAAAGATATCCGCGAACTGCCTGGGTTTCGTATTGAACGGGTGCAGCTTTTCGAT > CP042583/761919‑762485 ||| tatTCAGCCGGTACCTATGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGcc < 1:586243/289‑1 (MQ=255) 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tatGGCGATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAg < 1:354031/289‑1 (MQ=255) gATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACCTATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTATACTTCGCGACGCCCGACATGCCGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGACATTGCCTGTTCAAACCactca > 2:902844/1‑285 (MQ=255) gATTATGGAAGGGGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAACTTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCagtca > 1:1526847/1‑286 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |