| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 762,231 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 762,231 | 0 | A | T | 99.0% | 690.6 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 762,232 | 0 | G | C | 99.0% | 687.7 / ‑3.7 | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (151/140); minor base T (2/1); total (154/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 762,233 | 0 | T | A | 99.0% | 691.8 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (153/139); minor base G (0/3); total (154/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GGAGACGGAGATCTACCTGACCGAACAACAGGCACTGGCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCAAGTGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGAGTGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGAGCTGGTGCTGGTTAACCCGCCGCGCCGCGGCATTGGTAAACCGCTGTGTGATTATCTCAGTACGATGGCACCGCGTTTTATCATCTACTCCAGCTGTAACGCCCAAACTATGGCGAAAGATATCCGCGAACTGCCTGGGTTTCGTATTGAACGGGTGCAGCTTTTCGATATGTTCCCGCATACCGCGCACTATG > CP042583/761957‑762510 ||| aCTAGCGGAGCGTTTTAATGACGCACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCATACTAATCCGGCGGTCGCCGGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACCGGGTACGCCAGCTGCCGGTTCAACATATGTGAGATCTGTTCGGCGGTTTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTTCCATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCATTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGa < 2:98105/288‑1 (MQ=255) gCGGAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGGTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTcc > 1:906536/1‑288 (MQ=255) gAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGGCAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACt < 2:668085/288‑1 (MQ=255) gAGCGTTTTAATGACGTACCGCTGTGGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACt < 2:521702/288‑1 (MQ=255) 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aCCGCTGCGTATCCGTTCGCCAGGTCTGTTACAGACTAATCCGGCAGTCGCCAACCAGTGGGACGACAACTCGCGCGACTGGGTACGATAGCTGCCGGTTAGACAAAGGTGGGCTGTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTATGGTTTAGCCTGCGCGGCGCCGGACATGCAGTTAAACGGGATCGAACACGCATCAGAGGCCAGTGCCTGTGCAAAGCAGACAGCCGATGAACTGGAATTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCCCAg < 2:1252044/289‑1 (MQ=255) tgGATCCGTCCGCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGAtg > 1:884098/1‑289 (MQ=255) tccgtccgCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGcc < 1:1984198/289‑1 (MQ=255) gtccgCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGa > 1:71898/1‑289 (MQ=255) tccgCAAAGTTTCTTCCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATGCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCTGGACTCCACTCAGTTTGCCACCGCTCAGGGGGATGTGCCGGa > 1:1100905/1‑288 (MQ=255) tcttcCAGACTAATCCGGCGGTCGCCAGCCAGTTGTACGCCACCGCGCGCGACTGGGTACGACAGCTGCCGGTTAAACATATGTGGGATCTGTTCTGCGGTGTGGGGGGCTTTGGTTTACACTGCGCGACGCCTGACATTCAGTTAACCGGGATCGAAATTGCATCAGAGGCCATTGCCTGTGCAAAGCAGTCAGCCGCTGAACTGGGCTTAACGCGTTTGCAATTTCAGGCGCCGGACTCCACCCAGTTTGCACCCCCCCAGGGGGATGTTCCGGAgctggtgctggt > 2:2255934/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |