Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 775,764 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 775,764 | 0 | G | C | 99.6% | 586.8 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (132/119); total (132/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 775,765 | 0 | C | G | 99.6% | 589.6 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (131/120); minor base T (1/0); total (132/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 775,766 | 0 | T | A | 98.8% | 579.7 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (128/118); minor base G (2/1); total (132/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
CGTCACAGCCACCAAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTGCTGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGAATTTACGCAGCTCCGGGTAGCCATGCGCAGGCAGCATTTCGCCGTGGGTGTAGACATTAACGCCCGTGCCTTCGGTCTGTTCCAGCAGGTTGTAGAGATCTTTGAGATCGTGACCGGAAATCAGAATGCATTTACCCGCCGTCGCTTTGACGTTGACCTGGGTTGGCGTCGGGTGACCGTATTTACCGGTTT > CP042583/775490‑776044 ||| cGTCACAGCCACCAAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGAt < 1:666878/289‑1 (MQ=255) ccaccaAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGGCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGGGGTCATCACGACGGGGCCAg > 2:626379/1‑289 (MQ=255) caAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGaa > 2:530596/1‑289 (MQ=255) caAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGaa > 2:2058116/1‑289 (MQ=255) 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atGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCTGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTAAGGATGGGTCGATGATGCCGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGACACGGAAGAACTcc > 2:376194/1‑289 (MQ=255) tGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCa < 1:376194/289‑1 (MQ=255) cGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCACGCCAGCCAACAATCCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGCTGATGCAGTTCGAGGTCATCCCGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACCCCAttt > 2:1849040/1‑289 (MQ=255) aGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACtt > 2:1134845/1‑286 (MQ=255) cTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCCCCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCCGGTCCAACTACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGCGTCGAGGATTCAGTTCGAGGTCAACACGATGGAGCAATGGAAACTAGCCAACTCCACTTCCACATTCTGcaat > 2:1827488/1‑285 (MQ=255) aCCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTCCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCCTAAGCGCCTACGGTTGGGCCGATGAAGCAGTTCTGGGTCATCACGATGGGGCCACGGAAACGGCCGAAGTCCGATTGCTGATGCTGTCTGcc > 2:1093624/1‑287 (MQ=255) atcaatcaGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCg > 1:1287156/1‑289 (MQ=255) caatcaGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCATGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGAAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTGTGCCAGCCGCTGCCGTa > 1:792628/1‑289 (MQ=255) aGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTa > 1:2203792/1‑288 (MQ=255) 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cAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGa < 1:122842/288‑1 (MQ=255) agcagcGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGAt < 1:782655/212‑1 (MQ=255) agcGGCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGAATTTa < 1:2095173/288‑1 (MQ=255) gTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGAATTTACg < 1:30669/287‑1 (MQ=255) tCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGa < 1:1080892/225‑1 (MQ=255) tGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGGGGAATGTGGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGGGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGAATTTACGCAGCt < 2:1947776/289‑1 (MQ=255) tGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGAATTTACGCAGCt < 2:1052751/289‑1 (MQ=255) ggCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGAATTTACGCAGCt > 2:1525466/1‑288 (MQ=255) ggCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTCGAGGTCACCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGAATTTACg > 2:1462481/1‑283 (MQ=255) 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CGTCACAGCCACCAAGCAGGAAGATATGACGCAGTTTTTCACGGCTCACCAGATCAATCAGCGTATCAGCAGCGCCAAGCAGCGTCTGGCGACCAAAACCCACGGTGATAAGGTGCGGAATTTCGCTGTACGGGAAGCCTGCCATCTGTTGCGCCTGGGTGATAACCGCAGAGAAATCATCACCGTCCAGATGACGCACGCCAGGCCAGCCAACAATGCTGCGGGTCCAGATACGATCGTCATAAGCGCCTACGGTTGGGTCGATGATGCAGTTGCTGGTCATCACGATGGGGCCAGGGAAACGAGCGAACTCCACTTGCTGATTCTGCCAGCCGCTGCCGTAGTTACCGACCAGATGCTTGAATTTACGCAGCTCCGGGTAGCCATGCGCAGGCAGCATTTCGCCGTGGGTGTAGACATTAACGCCCGTGCCTTCGGTCTGTTCCAGCAGGTTGTAGAGATCTTTGAGATCGTGACCGGAAATCAGAATGCATTTACCCGCCGTCGCTTTGACGTTGACCTGGGTTGGCGTCGGGTGACCGTATTTACCGGTTT > CP042583/775490‑776044 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |