Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 783,367 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 783,367 | 0 | A | T | 99.7% | 703.6 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 783,368 | 0 | G | C | 99.7% | 706.7 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (151/144); minor base A (0/1); total (151/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 783,369 | 0 | C | G | 99.3% | 704.2 / NA | 296 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (150/144); minor base T (1/1); total (151/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
ATCGTTATAAAGTCAAATTGTTGCGTAATGGTGAAACACGCGAGCGTGAAGTGACGATTGGCGCACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTAGCGGTTCCGGTAAAAGCACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCACCTATCGCGTCGCCGGTCAGGATGTTGCCACGCTGGACGCCGATGCGCTGGCGCAACTGCGCCGCGAGCATTTCGGCTTTATTTTCCAGCGTTACCATTTGCTTAGCCATTTAACCGCCGAGCAGAACGTTGAAGTACCCGCCGTCTATGCTGGTCTTGAGCGGAAACAGCGACTGCTTCGTGCCCAGGAGTTGCTGCAACGGCTGGGGCTGGAAGA > CP042583/783090‑783647 ||| aaGTCAAATTGTTGCGTAATGGTGAAACACGCGAGCGTGAAGTGACGATTGGCGCACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTaaatcgacc < 1:1939298/289‑7 (MQ=255) 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tGGTGAAACACGCGAGCGTGAAGTGACGATTGGCGCACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCt < 2:736416/289‑1 (MQ=255) ggTGAAACACGCGAGCGTGAAGTGACGATTGGCGCACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTg < 2:383236/289‑1 (MQ=255) aaCACGGGAGCGGGAAAGGACGATTGGCGCACGTAACGATACCGAGGTTGGGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTgg < 2:1177978/289‑1 (MQ=255) 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aCGATTGGCGCACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCgg > 2:1139969/1‑262 (MQ=255) aCGATTGGCGCACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCgg < 1:1139969/262‑1 (MQ=255) cGATTGGCGAACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCAcc < 1:862785/289‑1 (MQ=255) tGGCGCACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCACCTAt > 1:497520/1‑288 (MQ=255) ggCGCACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATGTTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTGt < 1:1681307/260‑1 (MQ=255) cACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCACCTATCGCGt < 2:1472021/288‑1 (MQ=255) 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aTGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGCCACCTATCGCGTCGCCGGTCGGGCTGtt > 2:1629088/1‑289 (MQ=255) tGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCACCTATCGCGTCGCCGGTCAGGATGTTg < 1:79841/289‑1 (MQ=255) tGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCACCTATCGCGTCGCCGGTCAGGATGTTGcc < 2:1588712/288‑1 (MQ=255) 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ttgGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCACCTATCGCGTCGCCGGTCAGGATGTTGCCACGCTGGACGCCGATGCGCTGGCGCAACTGCGCCGCGAGCATTTCGGCTTTATTTTCCAGCGTTACCATTTGCTTTCGCATTTAACCGCCGAGCAGAACGTTGAAGTACCCGCCGTCTATGCTGGTCTTGAGCGGAAACAGCGACTGCTTCGTGCCCAGGAGTTGCTGCAACGGCTGGGGCTGGAAGa < 2:1755946/289‑1 (MQ=255) tgGCGCTTCGGGTTCCGGTAAATCGACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCACCTATCGCGTCGCCGGTCAGGATGTTGCCACGCTGGACGCCGATGCGCTGGCGCAACTGCGCCGCGAGCATTTCGGCTTTATTTTCCAGCGTTACCATTTGCTTTCGCATTTAACCGCCGAGCAGAACGTTGAAGTACCCGCCGTCTATGCTGGTCTTGAGCGGAAACAGCGACTGCTTCGTGCCCAGGAGTTGCTGCAACGGCTGGGGCTGGAAGa < 1:1851557/288‑1 (MQ=255) ||| ATCGTTATAAAGTCAAATTGTTGCGTAATGGTGAAACACGCGAGCGTGAAGTGACGATTGGCGCACGTAACGATACCGATGTTGAGATTGTCAAAGGGCTTGAAGCGGGCGATGAAGTGGTGATTGGTGAGGCCAAACCAGGAGCTGCACAATGACGCCTTTGCTCGAATTAAAGGATATTCGTCGCAGCTATCCTGCCGGTGATGAGCAGGTTGAGGTGCTGAAGGGCATCAGCCTCGATATTTATGCGGGTGAGATGGTCGCGATTGTTGGCGCTAGCGGTTCCGGTAAAAGCACCCTGATGAATATTCTCGGCTGTCTGGATAAGGCCACCAGCGGCACCTATCGCGTCGCCGGTCAGGATGTTGCCACGCTGGACGCCGATGCGCTGGCGCAACTGCGCCGCGAGCATTTCGGCTTTATTTTCCAGCGTTACCATTTGCTTAGCCATTTAACCGCCGAGCAGAACGTTGAAGTACCCGCCGTCTATGCTGGTCTTGAGCGGAAACAGCGACTGCTTCGTGCCCAGGAGTTGCTGCAACGGCTGGGGCTGGAAGA > CP042583/783090‑783647 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |