Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 784,093 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 784,093 | 0 | A | T | 99.2% | 552.3 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 784,094 | 0 | G | C | 100.0% | 554.7 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (103/134); total (103/134) | |||||||||||
* | CP042583 | 784,095 | 0 | C | G | 99.2% | 552.5 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (102/132); total (103/134) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
CGTGGGCATACGGTGATTATCGTCACCCACGATCCGCAGGTCGCTGCTCAGGCCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAATCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGAGCGTGGTTTCCATTGTC‑GTGGTGGGTGACGCCGCCAAACAAATGGTGCTGGCGGATATTCGTTCTATTGGTACGAATACTATTGATGTCTATCCCGGGAAAGATTTTGGCGATGACGATCCGCAATATCAGCAGGCGCTGAAGTACGACGACTTAATCGCCATCCAAAAACAACCGTGGGTCGCCAGTGCCACACCTGCCGTCAGCCAAAACCTGCGCCTGCGTTATAACAATGTTGATGTTGCTGCCAGTGCCAATGGCGTGAGCGGCGATTATTTTAA > CP042583/783817‑784373 ||| gggaaaaCGGTGATGTCCGTCACCCACGATCGGCAGGGCGCTGCTCAGGGCGAGCGGGTGATCGAAATTCGCGACGGCGAAATTGTGCGCAAGCCTCCCGCCATTGAAAAAGTGAATGTTACTGGCGGGACGGAACCTGTTGTCAACACGGTGTCTGGCTGGCGGCAGTTTGTCAGCGGTTTTAACGAGGCGCTGACGATGGCATGGCGGGCGCTGGCAGCGAATAAAATGCGTACTTTACTGACCATGCTGGGGATTATTATCGGTATTGCGTCGGTGGTTTCCATTg < 2:1231569/283‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |