| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 790,950 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 790,950 | 0 | A | T | 99.6% | 658.2 / ‑5.5 | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 790,951 | 0 | C | G | 99.3% | 645.4 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (149/123); minor base T (1/1); total (150/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 790,952 | 0 | T | A | 99.6% | 648.2 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (150/123); minor base G (0/1); total (150/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GTCCGCCTTCACCTAACCAACTGTTGAGACCTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCGCTCAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGGCTGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTACTTTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTATATGTTCCCCGGCGTTTACCTGAAGAGAAATCCCTTTAAGTGCCTGTTGAGATTGCTCCGGATAAGTGAACTGAACATCCCGTAACGTCAGGCTAACGCGATCGGCAACACGAGTTTGGGTATCAGGAAAGGTGACCTCCGGTTTTTGATCCGTTAAGTCAGAGATACGTACGGCAGAGGCAATGACTTGCCCCAGATGCTGAAATGCACCCGTTACTGGTGCCAGTGCTTCAAACGCGGCTAACG > CP042583/790673‑791230 ||| gTCCGCCTTCACCTAACCAGCTGTTGAGACCTGCGTCCTCGGGCAGCTTTTCCAGCCCAACGCGACCCAAGAGCTCCGACAGAGCCGCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAGCAGATCCACTCGCTGGGGACCAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCGGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCa < 2:1074222/289‑1 (MQ=255) 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aaCTGTTGAGACCTGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAAt < 1:1889022/289‑1 (MQ=255) cTGTTGAGACCCGCATCCTCGAGCAGCTTTTCCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGAGCCTCATCACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCg < 1:1837793/289‑1 (MQ=255) gaCCTGCGTCCTCGGGCAGCTTTTGCAGGCCAACGCGACGCAAGATCTCCGACAGGGCCGCATGACTACTGCCAGGCGAGGCGAGTAAAAGATTATCACGCAGCGTGGCGCTAAACAGATGCACTCGCTGAGGAACAACGCTGATGGTCTGTCGTAGAGCCGCTTCATTCAGGCTGGCTATGGGGCTATCGTTAAGCAAAATCTCGCCCTGTTGCGGGTCCCATGCGCGGGTCAGCTGTTGTAACAGTGTTGATTTGCCGCATCCGGTTCGCCCGAGAATCGCTatat < 2:455302/288‑1 (MQ=255) 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