Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 794,903 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 794,903 | 0 | A | T | 99.6% | 606.9 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 794,904 | 0 | C | G | 100.0% | 603.6 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (119/135); total (119/135) | |||||||||||
* | CP042583 | 794,905 | 0 | T | A | 99.2% | 598.6 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (117/135); minor base G (2/0); total (119/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GTCGCAAGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCACTACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTCAAATTCTCCCGTCATTATCACCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTT > CP042583/794624‑795183 ||| cGCAAGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGAt < 2:323040/289‑1 (MQ=255) aaGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATaa < 1:2086179/288‑1 (MQ=255) gtATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCa < 1:1876088/287‑1 (MQ=255) tATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCa < 1:537163/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |