| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 796,271 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 796,271 | 0 | A | T | 99.0% | 703.1 / ‑3.0 | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (153/139); minor base C (1/2); total (154/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 796,272 | 0 | G | C | 99.3% | 690.0 / ‑6.1 | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (153/140); total (154/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.87e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 796,273 | 0 | C | G | 99.0% | 690.6 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base G (153/139); total (154/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
GTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTAGCGACCCCAGCTGG‑AGC‑CAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGATACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCG > CP042583/795994‑796550 ||| gTGCAAAATCGGCGTATTTTGATTACACTCCTGTTAATCCATACAGCAACAGTACTGGGGTAACCTGGTACTGTTGTCCGTTTTAGCATCGGGCAGGAAAAGCCTGTAACCTGGAGAGCCTTTCTTGAGCCAGGAATACATTGAAGACAAAGAAGTCACATTGACAAAGTTAAGTAGCGGCCGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGG‑TCG‑CAAACGGc > 2:1168043/1‑288 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |