Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 796,454 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 796,454 | 0 | A | T | 100.0% | 713.5 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (154/145); total (154/145) | |||||||||||
* | CP042583 | 796,455 | 0 | G | C | 99.3% | 696.7 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (152/144); minor base T (1/1); total (154/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 796,456 | 0 | C | G | 99.7% | 697.4 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (153/144); total (154/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
CGCCGCCTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTAGCGACCCCAGCTGGAGCCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTAGCCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAACCACTGCTACACAGTAGCGGGGGAACTATTGCGCTGCTCTGCGTTTGGGCAGCGGGCCTGACGTTGTTCACCGGTTGGAGTTGGGTGACCATTGCTGAAAAACTCGGCGGCTGGATTTTAAACATTCTCACCTTCGCCAGTAATCGTACCCG > CP042583/796175‑796734 ||| cgcccccTTCTGGAGGCGTTTCTTATCCTTATTCTCCTGTTTGCCGTCTTGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGTACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTTGAAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGc < 2:321501/288‑1 (MQ=255) gccTTCTGGAGGCGTTGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGcatcat < 1:2115744/289‑1 (MQ=255) tGCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCt < 1:2022976/289‑1 (MQ=255) gCTGATCCTTATTGTCCTGTTTGCCTTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTTGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGTGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCTTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTc < 1:1479580/289‑1 (MQ=255) tCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCCTTATTGTCGGCGGTTGTTGGGTTGCCTGGCGTCCTCAGTCCAGCGCCGTATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGTCGTTTTGGCGTTCCTCCTTCcct > 2:1338707/1‑285 (MQ=255) tCCTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGTCGTTTTGGCGCTCATCCTTAcct > 1:1778335/1‑285 (MQ=255) cTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCATCGACGAATACATTGATTATTTTGTCGTTTCGCTACGCTTCATTGGCGTTTTTGCGCTCATCCTTACCCCCtgtg > 2:476446/1‑289 (MQ=255) cTGTTTGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCtgtg > 1:716988/1‑289 (MQ=255) tttGCCGTGTGGTTGGTGGCTGCCTTACTAAGTTTTATCCCTTCGGACCCCAGCTGGCCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGTGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTc < 2:965657/289‑1 (MQ=255) tttGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTgg > 2:811573/1‑287 (MQ=255) tttGCCGTCTGGTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTgg > 2:1861282/1‑287 (MQ=255) ggTTGATGGCTGCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCaa > 2:1923885/1‑288 (MQ=255) gCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTCCGCCTCATTGGCGTTTTGGCGACCATCCTTACCCCCTGTGGTCTTGCCGCAATCAACGcggccg > 2:2182944/1‑284 (MQ=255) gCCTTACTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCtt > 1:171976/1‑255 (MQ=255) aCTAAGCTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATc < 1:1263519/289‑1 (MQ=255) cTTTAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTAt > 1:447099/1‑289 (MQ=255) tAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTggcg < 1:744287/259‑1 (MQ=255) tAACCCTTCGGACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTAtttt > 2:1703728/1‑289 (MQ=255) acccttcggACCCCAGCTGGTCGCAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTg > 1:937445/9‑288 (MQ=255) 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agctggtcgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACg < 2:1111145/250‑1 (MQ=255) ggtcgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTgg < 1:1861282/284‑1 (MQ=255) gtcgcAAACGGCGTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTTTGGCGGCAATCAACGCCTCCGTTACCCGGCATTTCGCTTCGGGTTGCGttcttg > 2:856773/5‑282 (MQ=255) gtcgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGc > 1:624335/5‑289 (MQ=255) cgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCa < 1:1663301/286‑1 (MQ=255) cgcAAACGGCCTGGCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCa < 1:1174557/286‑1 (MQ=255) cgaaaaTGGCTTGGCATGATCCTATCCTTATTTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTAGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATGATTGTGGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCa < 1:800027/285‑1 (MQ=255) ccagaaCGGCCTGGCATGAACCTATCCATGATTTTGGTGGGAGTCCCGGTGCGTGGTTCGCAGA‑TTCGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCGCGTCATTATTTGTGTCGGTTGTTAGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGTCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCa < 2:1497320/284‑1 (MQ=255) gcgagcGGCGTGACATGAACCTCTCCAGAATTTGGGTGGATTGTCCGGTGCTTGTTTGTCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCTTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGc < 2:2200987/284‑1 (MQ=255) cGGCCTGGCGTGAACCTATCCATAATGTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTAGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGATTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACt < 2:1999711/289‑1 (MQ=255) ggCCTTGCATGAACATATCCTTAATTTAGGTGGGCTGCCGGGTGCGTGGTTGGAAGA‑TACGCTGTTATTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCACGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACt < 2:1679819/288‑1 (MQ=255) gacttaaCCTATCCATACTTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTTGTTTGCAGT‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCAc < 2:1177259/283‑1 (MQ=255) gCATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACt > 2:1616564/1‑289 (MQ=255) cATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACt < 1:1846401/288‑1 (MQ=255) cATGAACCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACt < 1:375716/288‑1 (MQ=255) aCCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCAt < 2:1467930/264‑1 (MQ=255) aCCTATCCATAATTTAGGTGGGATGCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCt > 2:1143486/1‑288 (MQ=255) aTCCCTAATTTAGGTGGGAGTCCCGGTGCGTGGTTGGCAGA‑TACGCTGTTCTTTATTTTTGGCGTGATGGCTTACACCATTCCCGTCATTATTGTCGGCGGTTGTTGGTTTGCCTGGCGTCATCAGTCCAGCGACGAATACATTGATTATTTTGCCGTTTCGCTACGCATCATTGGCGTTTTGGCGCTCATCCTTACCTCCTGTGGTCTGGCGGCAATCAACGCTGACGATATCTGGTATTTTGCCTCCGGTGGCGTCATTGGCAGCTTACTAAGCACTACGCTACAAc < 2:734024/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |