Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 799,205 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 799,205 | 0 | A | T | 99.5% | 902.1 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 799,206 | 0 | G | C | 99.7% | 894.1 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (192/186); total (193/186) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 799,207 | 0 | C | G | 100.0% | 905.6 / NA | 379 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (193/186); total (193/186) |
Only 100 of 379 total aligned reads displayed.
GAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGAGCCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTAGCGTTTATGAAGGCATTCCGCATCTGTTAACGGAAGTCGTTACTGATATGAAAGATGCCGCCAACGCGCTGCGCTGGTGTGTTAACGAGATGGAGCGTCGGTATAAACTGATGTCTGCGCTGGGTGTGCGTAATCTGGCGGGTTATAACGAAAAAATTGCTGAAGCCGATCGCATGATGCGTCCGATTCCAGACCCGTACTGGAAGCCGGGTGACAGTATGGATGCCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTT > CP042583/798926‑799486 ||| gAGTTACCGAATAAAAAACGACAAACCGTTTATCTGCGCGAAGTTTTGGATAACGCCAAATTCCGCGATAATCCGTCGCCATTAACCGTGGTGCTGGGTAAAGATATCGCCGGTGAGCCGGTGGTTGCCGATCTGGCGAAAATGCCGCACTTGTTGGTTGCGGGGACTACCGGTTCCGGTAAATCTGTCGGTGTGAACGCGATGATCCTGAGCATGCTTTATAAAGCACAGCCAGAAGATGTGCGTTTCATCATGATCGACCCGAAAATGCTGGAGCTTTCGGTTTATg > 1:1214067/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |