Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 799,706 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 799,706 | 0 | A | T | 99.6% | 586.5 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 799,707 | 0 | G | C | 99.6% | 585.0 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (117/129); total (118/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 799,708 | 0 | T | A | 99.6% | 585.4 / NA | 248 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (117/129); total (118/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
CCCAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCAAGCGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACAGTCGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAAAGTCTGCTGGGTATGGGGGATATGCTCTACTCTGGGCCGAACTCCACGTTGCCGGTACGTGTCCATGGTGCTTTTGTTCGCGATCAGGAAGTTCATGCCGTGGTGCAGGACTGGAAAGCGCGTGGTCGCCCACAGTATGTTGATGGCATCACCTCCGACAGCGAAAGCGAAGGTGGTGC‑GGGTGGTTTCGATGGCGCTGAAGAACTGGATCCGTTGTTCGATCAGGCGGTGCAGTTTGTCACTGAAAAACGCAAAGCGAGTATTTCTGGCGTACAGCGTCA > CP042583/799431‑799986 ||| ccAGCATCCGGTGCTGAAAAAAGAACCATACATTGTGGTGTTGGTTGACGAATTTGCCGACCTGATGATGACGGTAGGTAAAAAAGTGGAAGAGCTGATAGCACGTCTGGCGCAAAAAGCCCGTGCCGCGGGTATCCACCTCGTACTGGCAACTCAGCGTCCATCGGTTGATGTTATTACTGGTCTGATTAAAGCGAATATTCCGACCCGTATCGCCTTTACCGTATCCAGTAAGATTGACTCACGTACCATTCTTGATCAGGCTGGCGCGGAATCACTGCTGGGTAt < 2:519938/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |