| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 802,850 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 802,850 | 0 | A | T | 100.0% | 733.1 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (144/163); total (144/163) | |||||||||||
| * | CP042583 | 802,851 | 0 | G | C | 99.7% | 726.2 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (144/162); total (144/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 802,852 | 0 | C | G | 99.7% | 727.4 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (142/163); total (144/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
CAAAAGCCGAGCTGGATGCTTTACAGGCTGAAATTCGCGATATCGCGCTGACCATCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGAGCCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAACAGCATGGCTACAGTGAGAACTATGTTCCGTACCTGGTTAACCAGGACACGCTGTACGGTACGGGTCAACTGCCGAAATTTGCTGGCGATCTGTTCCATACTCGTCCGCTGGAAGAAGAAGCAGACACCAGTAACTATGCGCTGATCCCAACGGCAGAAGTTCCGCTGACTAACCTGGTGCGCGGTGAAATCATCGATGAAGATGATCTGCCAATTAAGATGACCGCCCACACCCCATGCTTCCGTTCTGAA > CP042583/802575‑803131 ||| aaaaGCCGAGCTGGATGCTTTACAGGCTGAAATTCGCGATATCGCGCTGACCATCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGc < 2:1042890/287‑1 (MQ=255) aaaaGCCGAGCTGGATGCTTTACAGGCTGAAATTCGCGATATCGCGCTGACCATCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTg < 1:596092/289‑1 (MQ=255) aaGCCGAGCTGGATGCTTTACAGGCTGAAATTCGCGATATCGCGCTGACCATCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGa < 2:9261/289‑1 (MQ=255) gCTGGATGCTTTACAGGCTGAAATTCGCGATATCGCGCTGACCATCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTAACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCa < 2:90070/288‑1 (MQ=255) 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gATATCGCGCTGACCATCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAACAGCATGGCTACAGTGAGAACt < 1:607616/289‑1 (MQ=255) cgcTGACCATCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAACAGCATGGCTACAGTGAGAACTATGTTc > 2:1344903/1‑288 (MQ=255) cgcTGACCATCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCATCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTACTGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAACAGCATGGCTACAGTGAGAACTATGtt > 1:1287574/1‑287 (MQ=255) aacATCCCTAAACGGACTGGAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGGCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAACAGCATGGCTACAGTGAGAACTATGTTCCGTAc < 2:656931/286‑1 (MQ=255) aCCATCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAACAGCATGGCTACAGTGAGAACTATGTTCCGTa > 1:1739272/1‑287 (MQ=255) ccATCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAACAGCATGGCTACAGTGAGAACTATGTTCCGTAcc < 1:139701/288‑1 (MQ=255) aTCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAACAGCATGGCTACAGTGAGAACTATGTTCCGTACCTgg < 1:2193812/289‑1 (MQ=255) aTCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTGAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAACAGCATGGCTACAGTGAGAACTATGTTCCGTACCTgg < 1:251852/289‑1 (MQ=255) aTCCCTAACCTGCCTGCAGATGAAGTGCCGGTAGGTAAAGACGAAAATGACAACGTTGAAGTCAGCCGCTGGGGTACCCCGCGTGAGTTTGACTTTAAAGTTCGTGACCACGTGACGCTGGGTGAAATGCACTCTGGCCTCGACTTTGCAGCTGCAGTTAAGCTGACTGGTTCCCGCTTTGTGGTAATGAAAGGGCAGATTGCTCGCATGCACCGCGCACTGTCGCAGTTTATGCTGGATCTGCATACCGAACAGCATGGCTACAGTGAGAACTATGTTCCGTACCTgg < 1:518163/289‑1 (MQ=255) 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