Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 807,128 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 807,128 | 0 | A | T | 99.7% | 781.3 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (162/162); minor base G (0/1); total (162/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 807,129 | 0 | G | C | 99.4% | 772.1 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (162/161); minor base A (0/2); total (162/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 807,130 | 0 | T | A | 99.1% | 770.6 / NA | 325 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (160/162); minor base C (2/1); total (162/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
TTGTGATCAAACCCAATGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTAGTCCAATGCGCGCTTTTAACAGCCTCAACCGGGTAGGGGCTAGTGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTAGCATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGAGTCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATG > CP042583/806849‑807409 ||| tgtgATCAAACCCAATGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATgcg < 2:1849117/289‑1 (MQ=255) tgtgATCAAACCCAATACCAGTAGCCGCCCGGCCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATgcg < 2:1782855/289‑1 (MQ=255) tCAAACCCAATGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCt < 2:218961/288‑1 (MQ=255) aCCCAATGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTa > 1:153894/1‑288 (MQ=255) 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aTGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAActcg > 2:1393310/1‑285 (MQ=255) aTAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGACGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAAcc > 2:425347/1‑289 (MQ=255) cccGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTACCTCGCCCAACCGGGCAgg > 2:2087323/1‑289 (MQ=255) cccGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAgg > 1:78901/1‑289 (MQ=255) ccGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAgg < 1:1487744/288‑1 (MQ=255) cGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAgggg < 2:1418691/289‑1 (MQ=255) cGACCGGGGATACCACGGGCTATCTGGCAAAACCGAAGGAGGTGTGGGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGTTCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAgggg < 2:1172588/289‑1 (MQ=255) ccGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAAAGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTa < 1:1174930/282‑1 (MQ=255) gactACCACTGGGTCACGGGGAAAGCCGAAGGAGGTGTGAGTTGGGAAGTGGGTGGCATGAAGGGCCGCTTGTGATCTGCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTGTATCGGTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCGGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGGGTTATCGCCTGGATGTTTGGTTTATGGGGGGTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCGATCTTGGTTCACCAATGCGCGCTTTTAACTCGCTCAACCGGGTAGGGGCttcag < 2:2176176/285‑5 (MQ=255) 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TTGTGATCAAACCCAATGCCAATAGCCGCCCGACCGGGGATACCACTGGCTATCTGGCAAACCCGAAGGAGGTGTGAGATGGGAAGTGGATGGCATGAATGGCCGCTGATGATCTTCACGGTCTTCGGGCAATGTGTAGCAGGTGGTTTTATCGTTCTGGCTTTGGCGCTGCTCAAAGGCGACCTGCGAGCAGAAGCCCAGCAGCGTGTTATCGCCTGCATGTTTGGTTTATGGGTGCTGATGGGCATTGGCTTTATCGCCTCTATGCTCCATCTTGGTAGTCCAATGCGCGCTTTTAACAGCCTCAACCGGGTAGGGGCTAGTGCACTCAGTAACGAAATCGCCAGCGGTAGCATCTTTTTTGCCGTAGGCGGCATCGGCTGGTTGCTGGCAATGCTGAAAAAGCTGAGTCCGGCATTGCGTACGCTGTGGCTGATAGTGACGATGGTTCTTGGCGTCATCTTTGTCTGGATGATGGTGCGTGTGTATAACAGCATTGATACCGTTCCGACCTGGTACAGCATCTGGACGCCGATGGGCTTCTTCCTGACGATGTTTATG > CP042583/806849‑807409 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |