Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 439,806 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 439,806 | 0 | A | T | 100.0% | 674.2 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (138/144); total (138/144) | |||||||||||
* | CP042583 | 439,807 | 0 | G | C | 99.6% | 653.2 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (138/142); total (138/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 439,808 | 0 | C | G | 99.7% | 672.8 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (137/144); minor base T (1/0); total (138/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
GGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTAGCCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTAGTATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGTCGGCTTC > CP042583/439527‑440087 ||| ggCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCa < 1:1625825/289‑1 (MQ=255) ggCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCa < 1:1139147/289‑1 (MQ=255) ccTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCAt < 1:178145/288‑1 (MQ=255) accTTATTAAAGAAACTTACAAACGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGTTTAATTAATCCCGATATTGAACATTTATTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCATGGTTGa < 2:1551633/288‑1 (MQ=255) 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aTGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAg > 1:1351277/1‑289 (MQ=255) aTGGAGGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCATGGTTGAGGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAg < 1:1215746/289‑1 (MQ=255) cgttgggtctggtGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCg < 2:163324/283‑1 (MQ=255) cGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGCTTACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGCCAAGCTGACCATTTATGCGGCCCCACTCGGGGGCCTGGGGCCTTACAAAACCCACCGACTGCCTGTGCCGGCAGCAGTGGGCGt > 2:617382/1‑289 (MQ=255) ggtggtTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGTCGGCTTc < 2:1315350/289‑1 (MQ=255) ||| GGCCTACGCCTTATTAAAGAAACGTACAACAGCAGAAAAAACAGGAGAGCAAAAAACCATAGGTTAATTAATCCCGATATTGAACATTGAGTTAAAAACCAATCTGTATTTTACAAGGAGTTTGTTATGTCTTTTGATTTAATCATTAAAAACGGCACCGTTATTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTAGCCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTAGTATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGTCGGCTTC > CP042583/439527‑440087 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |