Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 810,909 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 810,909 | 0 | A | T | 99.6% | 632.2 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (129/136); total (130/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 810,910 | 0 | G | C | 98.5% | 601.3 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (125/135); total (130/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 810,911 | 0 | C | G | 99.2% | 622.6 / ‑2.2 | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (129/136); minor base . (1/1); total (130/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TGTATGTGGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTA‑TTAGTATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCAGCCTGGCGATGGGGATGATGTT‑TGA‑TAGCCGTAATATCCCGGATGACTTAATGACCAACGGTCAGTATTACGCCTTTCAGAAGCTGGGCGAGTATTACAACATGGGTAATACTTTAATGGTGATTTACGCCATTGCGAATACCCTGGGACAAGTAGCGGCGCTGGTATTCAGCATTGATGCCCCGCTTAAAGTGCTATTAGGTGATGCTGACAGCAAATATATTCCAGCCAGTTTATGTCGTACCAACGCTTCTGGTACGCCCGTTAATGGCTATTTTCTGACCCTGGTACTGGTGGCGAT > CP042583/810631‑811183 ||| tgtgGCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTA‑TTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTT‑TGA‑TTCGCGTAATATCCCg < 1:58220/289‑1 (MQ=255) ggCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTA‑TTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGGGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGAGGATGTT‑TGA‑TTCGGGTAATATCCCggtt > 2:891933/1‑287 (MQ=255) ggCGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTA‑TTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGCCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCGCGCTGGCGATGGGGATGACGTT‑TGA‑TTCGTGTAATATCCCGGAt > 2:1847506/1‑289 (MQ=255) cGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTA‑TTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTT‑TGA‑TTCGCGTAATATCCCGGATg > 2:1900072/1‑288 (MQ=255) cGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTA‑TTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGTT‑TGA‑TTCGCGTAATATCCCGGATg > 1:373232/1‑288 (MQ=255) cGATGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAAACGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTA‑TTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCAAAAGGGACGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTTGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCTATTGGGATGATGTT‑TGA‑TTCGGCTAATTTCCCGGATg > 2:1504128/1‑288 (MQ=255) aTGGCGGTAACCGCGCCTGCAATTACTGAAGTGCATATTGCGACCACAAACATTACCTGGGAACCGTTCATTCCTCATATCGACTTTACCTACATTACCACTA‑TTTCAATGCTGGTTTTCGCGGTTGGCGGAGCAGAGAAGATTTCTCCTTACGTTAATCAAACGCGCAACCCAGGAAAAGAATTTCCATAAGGGATGTTATGCCTGGCGGTGATGGTTGCGGTTGGTGCCATTCTGGGCTCGCTGGCGATGGGGATGATGCT‑TGA‑TTCGTGTCATTCCCCGGATGAcg > 2:585391/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |