Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 812,289 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 812,289 | 0 | G | C | 100.0% | 676.5 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 812,290 | 0 | C | G | 99.7% | 673.9 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (134/151); minor base T (0/1); total (134/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 812,291 | 0 | T | A | 99.3% | 668.8 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (134/149); minor base G (0/2); total (134/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TTTCGACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTCAAAGCCCTGTTGGACGATATCGACAAGAGAGTCGTCAGTTGTGAGCTCGACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGT‑CGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAAGCTTACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCGGAGCTGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCA > CP042583/812009‑812566 ||| tttCGACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTCAAAGCCCTGTTGGACGATATCGACAAGAGAGTCGTCAGTTGTGAGCTCGACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGT‑CGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGATATTAGAACCCGCTTCCGTTAACGATACGCt > 2:231867/1‑289 (MQ=255) 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TTTCGACGATGCAACTAAGTCGAACGCCAGCGTCAAAGCCCTGTTGGACGATATCGACAAGAGAGTCGTCAGTTGTGAGCTCGACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGT‑CGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAAGCTTACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCGGAGCTGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCA > CP042583/812009‑812566 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |