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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 812,372 | 0 | T | A | 99.6% | 661.8 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (137/140); minor base G (0/1); total (138/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCATCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAAGCTTACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCGGAGCTGGATAAGCCTAACTCATCGCCCGCTGCACGAAAGCTTTGATTACGGGCCACGGCAAAGAAAGTGGCAAAGTCAGACATATTCATCCGCATTAGTGAAAATCCTTCATTAACTCATCCTGAATCATCACGTTTACAGGATTATGCCGCCTGCGTAAAGTGCGCTCCAGAACTTAACGTGGAGGTAAAATTATGCAGTCTGAACGTATTTATTTGGTATGGGCCCATCCTCGTCATGATAGTTTGACCGCACATATTGCTGATGCGATCCATCAGCGGG > CP042583/812091‑812649 ||| gACTTTAATATCAGGATATTCACGTGTGAAACCAACCAGTAAAGACATTAAAAATATACGTGCAGCTACCCGGGCGGCATTGATTTTGAGCGTTCCTGTCGGTGTCAGACGAAAATCATTCATCTCTTCTAACATGATCTGAATTTCGTCGAAAGCTGGGCGCAATCGTTCATAGAGATTAGAACCCGCTTCCGTTAACGATACGCTTCGGGTTGTCCGATTGAATAAGCGAATTTTAAGACGTTGTTCCAGTGTTTTAATACTATGGCTAATGGCGGACGAGGATaa > 1:852183/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |