| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 813,111 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 813,111 | 0 | A | T | 99.6% | 526.6 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 813,112 | 0 | G | C | 99.6% | 521.8 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (112/109); total (112/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 813,113 | 0 | C | G | 100.0% | 526.3 / NA | 222 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (112/110); total (112/110) | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
TACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAAAGTTTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGAGCTTATTATCTCAGGTACGGGATATGGTAGATGCACTATAAGATGTGTTAAAAACGCTGTAGCAGAATGAAGCGCGGAATAAAAAAGCGGCAACTCAATAAAGTTGCCGCTTTACGGGGAAATTAGAACATTACCTTATGACCGTACTGCTCAAGAATGCCTTTCACGCGTTCCATGGTCTCTTTCTTCGGTGGTTTAACACCGTCGAGTTTGTACTCTTCACCCATTGCCACCCATTTGTGTTTGCCCAGCTCGTGGTAGGGGAGAAGCTCGAT > CP042583/812835‑813386 ||| tACAGCTTCCCGGCAATGCTAAAAGGATATATTGACAGAGTATGGAATAATGGGCTGGCTTATGGAGATGGGCACAAATTACCATTCAATAAAGTTCGTTGGGTGGCGCTGGTTGGAGGAGACAAAGAATCATTTGTCCAGATGGGCTGGGAAAAAAATATAAGCGATTATTTAAAAAATATGTGCAGTTATCTTGGTATTGAAGATGCCGATGTCACTTTCTTGTGTAATACAGTGGTATTCGATGGGGAAGAACTTCACGCGAGCTATTATCAGTCGTTATTAtct < 1:1361772/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |