Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 819,800 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 819,800 | 0 | A | T | 99.6% | 611.2 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (125/130); total (126/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 819,801 | 0 | G | C | 99.6% | 592.4 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (124/130); total (126/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 819,802 | 0 | C | G | 99.2% | 601.2 / NA | 256 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (124/130); total (126/130) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GCGTCATGAAAATCACTTTAGTCGTACGGAAAGCGCGCAATAATACGGGTTTTATCTCAAAGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGAGCCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGAAGTGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGATGGTCCCGGTACTTATCGTCTTTATTACTCTGGCGTTGTTATACCGCCTGGTAATGTGGTTGATGGCGCACAGTGAAAAACTGGAAGATCTTCTGGAAGGCAAGCCAGTTGTCATTATTGAAGATGGCGAGCTGGCCTGGAGCAAACTCAATAACTCCAACATGACGGAATTTGAGTTCTTTATGGAGCTACGATTGCGTGGCG > CP042583/819520‑820079 ||| tCATGAAAATCACTTTAGTCGTACGGAAAGCGCGCAATAATACGGGTTTTATCTCAAAGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGaa > 1:347339/1‑289 (MQ=255) aTGAAAATCACTTTAGTCGTACGGAAAGCGCGCAATAATACGGGTTTTATCTCAAAGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGt > 2:398554/1‑289 (MQ=255) aTCACTTTAGTCGTGCGGAAAGCGCGCAATAATACGGGTTTTATCTCAAAGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAAt < 1:526173/289‑1 (MQ=255) tttAGTCGTACGGAAAGCGAGCAATAATACGGGTGTTATCTCAATGGCGCGCGCACCGGCGCCATGCCGATGAACGGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAATAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGCTCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTc < 2:797788/289‑1 (MQ=255) cgcAATAATACGGGTTTTATCTCAAAGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATTACCGGAATACGCGGTTTTCGGCAGAGCTCGCTGTCTGAATTTTTAACACTTCTTACGCCGGGatcatcggc > 2:2019596/1‑281 (MQ=255) cGGGTTTTATCTCAAAGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGAtgtg < 2:932308/289‑1 (MQ=255) tttATCTCAAAGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGtt < 2:2245969/289‑1 (MQ=255) aTCTCAAAGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTa < 1:950572/289‑1 (MQ=255) aaaGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTatgatg < 1:252387/289‑1 (MQ=255) aaGGCGCTATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTatgatga > 1:1753991/1‑289 (MQ=255) tATCACCGCCGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGACTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGGCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGCGTGCGGCAGATGTCGCTGGTTGAAGATTTAATCATTCTGACGTTGGGATCAGCGGCGGGACGTGTGGCGGTGTTGGATCATGTGCCg > 2:946430/1‑289 (MQ=255) gcacaGCGGCCATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGAt < 2:76751/288‑1 (MQ=255) gccgccATGCCGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGATGGTcc < 2:696918/289‑1 (MQ=255) cGATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGATGGTCCCGGTACTTa < 1:1329959/288‑1 (MQ=255) gATGAACTGTTGACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGATGGTCCCGGTACTTATc < 1:1287902/289‑1 (MQ=255) gACTATGCTTTTAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGGTGTGGCGGTTTATGATGATTTGCCGATGGTCCCGGTACTTGTCGTCtttttt > 2:1918631/1‑287 (MQ=255) tGCTTTTAGCGGCTAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATCAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGATGGTCCCGGTACTTATCGTCTTTATTACTCTgg < 2:1597222/289‑1 (MQ=255) tGCTTTTAGCGGATAAAACACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGATGGTCCCGGTACTTATCGTCTTTATTACTCTgg < 1:2076610/289‑1 (MQ=255) ttttAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTTCGGCAGATGTCGCTGTTTGTAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCATCGGCGGCATATGTGGCGTTTTATGAGGATGTGCCGATGGTCCCGGTACTTATCGTCTTTATTACTCTTGCgt > 2:1206904/1‑289 (MQ=255) ttttAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCTGTTGGTCCGGGTAATGAGCGTCTTTTATActcttgtgt > 2:538919/1‑284 (MQ=255) ttttAGCGGATAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGATGGTCCCGGTACTTATCGTCTTTATTACTCTGGCgt < 1:31078/289‑1 (MQ=255) tAGCGGATAAACCACGATAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATCTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATACCTGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCGGTTTGAAGTTTTAATCATCCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGTTGTGACGATGGGTCTGGTACGTATCGGTTTTAGTATTCTGGCgttgt > 2:2172903/1‑289 (MQ=255) 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aTAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAAt < 2:1269809/188‑1 (MQ=255) aTAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTGACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGATGGTCCCGGTACTTATCGTCTTTATTACTCTGGCGTTGTTATAc > 2:635819/1‑288 (MQ=255) aTAAACCACGTTAAGAGCATAAAAATGAAGGCGTTCGATCTCCACCGTATGGCATTTGATAAAGTGCCTTTTGATTTCCTTGGCGAAGTTGCACTACGTAGTCTTTATACCTTTGTACTGGTCTTTTTGTTCCTCAAAATGACCGGAAGACGCGGTGTGCGGCAGATGTCGCTGTTTGAAGTTTTAATCATTCTAACGCTGGGATCAGCGGCGGGAGATGTGGCGTTTTATGATGATGTGCCGATGGTCCCGGTACTTATCGt < 1:152978/263‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |