Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 821,904 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 821,904 | 0 | A | T | 99.6% | 641.1 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 821,905 | 0 | G | C | 99.6% | 643.4 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (151/118); minor base A (1/0); total (152/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 821,906 | 0 | T | A | 99.6% | 646.2 / NA | 270 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (152/117); minor base C (0/1); total (152/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
AATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTAGTGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACGCAGAAGGTGCCCTGGAGTTGTTCCTCGGTAACGCCGGAACGGCAATGCGTCCGCTGGCGGCAGCTCTTTGTCTGGGTAGCAATGATATTGTGCTGACCGGTGAGCCGCGTATGAAAGAACGCCCGATTGGTCATCTGGTGGATGCGCTGCGCCTGGGCGGGGCGAAGATCACTTACCTGGAACAAGAAAATTATCCGCCGTTGCGTTTACAGGGCGGCTTTACTGGCGGC > CP042583/821634‑822185 ||| aaTGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAATAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTCCGCCATATGCTGAATTCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCGATACGCTTTAAGCCGATCGTCCGCGtt > 2:1988262/1‑289 (MQ=255) aaTGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGtt > 1:1958730/1‑289 (MQ=255) tGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGTCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGc > 1:807779/1‑289 (MQ=255) tGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGc > 2:652747/1‑289 (MQ=255) gcctatatagtGCTTGATTCGCACCGCGGGCCTGTGCGGGTTTTATTTCTGGTGGAGAGACTTGGTGTCATGGAAGCCAGGACGTTACCACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGGGCGTTGCTAGCCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCAGACGGCAAAACAGTATGAACGAATCGGCCGGGTAGCGATGACGTCCGCCATATGCGGAATGCATTATTAGCGTTGGGGGTTAGCTATACGCTTTCAGCCGTTCGTACGCGTTGCg < 2:342010/279‑1 (MQ=255) gCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCg < 2:792689/289‑1 (MQ=255) aaaTTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAAt > 1:568040/1‑289 (MQ=255) aaTTTTGCTTAATCCCCACTGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAAtt < 2:206906/289‑1 (MQ=255) ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGt < 1:608498/289‑1 (MQ=255) acaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTc > 2:1375751/1‑288 (MQ=255) cagccagcCTTTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGTCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCa < 2:411469/289‑1 (MQ=255) ccagccTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTa < 2:1958730/289‑1 (MQ=255) aggccTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTa < 2:732005/286‑1 (MQ=255) ccTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTacac > 1:2015939/1‑288 (MQ=255) cgtggtggTTTTTATTTCTGTTGTGGGGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTTAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTATCGGTAACGGCGGTCCATTACACg < 2:75021/282‑1 (MQ=255) tgGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTAGCACACGGCAAAACAGTATTAACCAATCTGCTGGATAGCGATGACGTGCGCCATATGCTGAATGCATTAACAGCGTGAGGGGTAAGCTATACGCTTTCAGCCGATCGTACGCGTTGCGAAATTCTGGGTAAAGGGGGTCCATTatcccgtga > 2:111191/1‑281 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |