| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 829,791 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 829,792 | 0 | G | C | 99.7% | 732.7 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (146/159); total (147/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 829,793 | 0 | T | A | 99.7% | 736.4 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (145/161); total (147/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TTGAATGCATAACGACAAAGATCTCTCTACGTGGCAGACATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTAAGCCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGT‑AAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTAAGTGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTCGCCGCCTGTTTGGTCACATGATGGGAATGCCAGTTAGTTTCTTTGACAAACAGAGTACGGGTACGCTGTTGAGTCGTATTACCTACGATTCCGAACAGGTTGCTTCTTCTTCTTCCGGCGCACTGATTACTGTTGTGCGTGAAGGTGCGAGCATCATCGGCCTGTTCATCATGATGTTCTATTACAGTTGGCAACTGAGCATCATTTTGATTGTGCTGGCACCGATTGTTAGCATTGCGATTCGCGTTGTA > CP042583/829511‑830069 ||| ctccttACGTGGCAGCCATTCCGCCGACTGTGGCCAACCATTGCGCCTTTCAAAGCGGGTCTGATCGTGGCGGGCGTAGCGTTAATCCTCAACGCAGCCAGCGATACCTTCATGTTATCGCTCCTTAAGCCACTTCTTGATGATGGCTTTGGT‑AAAACAGATCGCTCCGTGCTGGTGTGGATGCCGCTGGTGGTGATCGGGCTGATGATTTTACGTGGTATCACCAGCTATGTCTCCAGCTACTGTATCTCCTGGGTATCAGGAAAGGTGGTAATGACCATGCGTcgcc < 2:604487/284‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |