Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 833,994 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 833,994 | 0 | A | T | 99.7% | 741.0 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 833,995 | 0 | G | C | 99.7% | 738.7 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (159/151); total (160/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 833,996 | 0 | T | A | 99.4% | 737.6 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (159/151); minor base C (1/1); total (160/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
GCGTGCTGACTGCTGATGAGAGTAAAAGTTGATGTAAACTGCTGATGAGAGTAAATCATGAGTTTTGTGGTCATTATTCCCGCGCGCTACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAAAGTGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGAGTGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGGATCGTGATC > CP042583/833718‑834270 ||| cattccagtgttgctggaaacggaagcccgcgtgctgactgctgatgagagtaaaTCATGAGTTTTGTGGTCATTATTCCCGCGCGCTACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTGCGGAACAGAAc > 2:508232‑M2/56‑289 (MQ=255) 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gcgcCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGa < 1:281626/241‑1 (MQ=255) gcgcCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGa < 1:111923/241‑1 (MQ=255) gcgcCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGgatcgtga < 2:347303/289‑1 (MQ=255) gcgcCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGgatcgtga > 2:1530123/1‑289 (MQ=255) gcCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAAGGCGGCAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCCCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCCTTCCTTGGggtcgtgagc > 2:2142870/1‑287 (MQ=255) ||| GCGTGCTGACTGCTGATGAGAGTAAAAGTTGATGTAAACTGCTGATGAGAGTAAATCATGAGTTTTGTGGTCATTATTCCCGCGCGCTACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAAAGTGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGAGTGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGGATCGTGATC > CP042583/833718‑834270 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |