Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 439,962 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 439,962 | 0 | A | T | 100.0% | 759.4 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 439,963 | 0 | G | C | 99.4% | 748.2 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (166/147); minor base A (0/2); total (166/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.23e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 439,964 | 0 | T | A | 100.0% | 760.2 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (166/149); total (166/149) |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TTTTAGAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTAGCCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTAGTATTGAACTGAAGTTCGATGCCGCTAAAGGCAAGCTGACTATTGATGCGGCACAACTCGGTGGCCTGGTGTCTTACAACATCGACCGTCTGCATGAGCTGGATGAAGTGGGCGTTGTCGGCTTCAAATGCTTCGTTGCGACCTGTGGCGATCGCGGTATCGACAACGACTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTCAGCCGGTGCTGG‑TGCACTGCGAAAACGCGCTGATTTGTGACGAACT > CP042583/439690‑440239 ||| gAAAACGAAGCTCGCGTTGTAGATATCGCCGTTAAAGGCGGAAAAATTGCTGCTATCGGTCAGGATCTGGGCGATGCAAAAGAAGTTATGGATGCGTCTGGTCTGGTGGTTTCGCCGGGCATGGTTGATGCGCACACCCATATTTCTGAACCGGGTCGTAGCCACTGGGAAGGTTATGAAACCGGTACTCGCGCAGCGGCAAAAGGTGGTATCACCACCATGATCGAAATGCCGCTCAACCAGCTGCCTGCAACGGTTGACCGCGCTTCAATTGAACTGAAGTTCGAt > 1:268473/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |