Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 836,919 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 836,919 | 0 | A | T | 99.2% | 573.8 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.30e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 836,920 | 0 | G | C | 99.6% | 563.1 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (150/89); minor base T (1/0); total (151/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 836,921 | 0 | C | G | 99.6% | 564.9 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (149/90); total (151/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
GTGGAGAAGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTAGCCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGAGTGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGAGCTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACG‑CTTAGCCCAGATTATCCACGCGACCCGGCGCAGGTTTATCTGTGGCTGGAAGAAGCTGGTTGGCAAATTATGGGTAAGACAGGCGTTCGCGTGTTTCATGATTATCTGCGCGAGAAACACCAGCAGCGCGACTGCTATGAAGCATTACTTGAATTAGAAACGCGTTATTGCCGTCAGG > CP042583/836641‑837198 ||| gTGGAGAAGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGtt > 1:1444203/1‑289 (MQ=255) aaGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACaa < 1:1818034/289‑1 (MQ=255) cAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATgcg < 1:1401471/288‑1 (MQ=255) ccGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATgg > 1:749171/1‑289 (MQ=255) ccGCAATCAAAACGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGAAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTTCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCa < 1:1332908/286‑1 (MQ=255) cGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGt > 2:1931000/1‑289 (MQ=255) aaTCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATCTTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGTCTGATCCCCGCAGCGGATTGCAGCACCTCTGGTCCGTGTTGCTGCCCGGCGGCGTGTTTGCTTTTATGTTCTACAACgcagatgtatgc > 2:2048589/1‑279 (MQ=255) aTCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTttgt < 1:1142818/289‑1 (MQ=255) cAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTttgttg < 2:637769/289‑1 (MQ=255) cAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTttgttg < 1:1262716/289‑1 (MQ=255) 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gcgTGTTGTAGTTAATGTTCTACAATGGGCATGGTTTGGTGGTGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACG‑CTTTCGCCAGATTATCCACGCGACCCGGCGCAGGTTTATCTGTGGCTGGAAGAAGCTGGTTGGCAAATTATGGGTAAGACAGGCGTTCGCGTGTTTCATGATTATCTGCGCGAGAAACACCAGCAGCGCGACTGCTATGAAGCATTACTTGAATTAGAAACGCGTTATTGCCGTCAgg < 2:1811952/288‑1 (MQ=255) ||| GTGGAGAAGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTAGCCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGAGTGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGAGCTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACG‑CTTAGCCCAGATTATCCACGCGACCCGGCGCAGGTTTATCTGTGGCTGGAAGAAGCTGGTTGGCAAATTATGGGTAAGACAGGCGTTCGCGTGTTTCATGATTATCTGCGCGAGAAACACCAGCAGCGCGACTGCTATGAAGCATTACTTGAATTAGAAACGCGTTATTGCCGTCAGG > CP042583/836641‑837198 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |