Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 839,657 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 839,657 | 0 | A | T | 99.3% | 647.2 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 839,658 | 0 | G | C | 99.3% | 639.1 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (153/120); total (155/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 839,659 | 0 | C | G | 99.3% | 649.2 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (154/120); total (155/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
AACGGGGCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTAGCCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATAGCATGCTCGACACCATTAACAGCCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGAGCGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCGTGCAGTTTAAACAGTTCAACTCCATTACTGATTACCACAGCCTGATGTTCGATCTGGGCATCATCGCGCGTCGTCTGCGCTCCGCATCTGACCGTAGCAAATTCTATCGTCTGATCGAAGCTAGCCTGTATGGCGGGATCTCCAGTGCCATTACCCGTTCTCTGCGCGACTACCTGTT > CP042583/839378‑839937 ||| gCGGGTAAATCCACCACCATGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGCCCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGaca < 2:1914535/288‑1 (MQ=255) caccaTGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACCATACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCGaa < 1:1251321/289‑1 (MQ=255) caccaTGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGGGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCGaa > 1:2068356/1‑289 (MQ=255) caTGGCGGCGTTCGTTACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAAc > 1:1637144/1‑288 (MQ=255) 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cgttcgttACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTACATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTgaacg < 1:1552469/288‑1 (MQ=255) gttcgttACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATAACAAGCCGTTTGCCATTCAGGTACTGCCGGTGTCGGT‑GCATCCCACACAGCTGGTTACCGAAACCCTgcacgaa > 2:2036571/1‑289 (MQ=255) ttcgttACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTgaacgaa > 2:405691/1‑288 (MQ=255) tcgttACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGaacgaacg < 1:506796/289‑1 (MQ=255) tACGGCGCTGATCCCCGACCTGACCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCg < 1:210559/269‑1 (MQ=255) aCCCTGCTGCATTTCCGTAACACTACGGAAGCCGGGGTCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACg > 1:226039/1‑289 (MQ=255) 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ccGGGGCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGAGCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTTACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCCTAACGAGCTGAAAGAACAGCCGGAGGCGAGTGAAgg > 2:1122242/1‑289 (MQ=255) ggggCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACGAGCTGAAAGACAAGCTCGAGGCGATGGAAGGCg > 1:68385/1‑289 (MQ=255) ggCCACCAGCGGTTCGCGCGATAAAGGTCTGCACGGTAAGCTGAAAGCGGGTGTCTGTTATTCGATGCTCGACACCATTAACTCGCGCCACCAGCGCGTGGTGGTCGGTGTGCGTCTGCAACAGGTTGCCGGACGCGATCGTAAAGTGGATATCAAGCCGTTTGCCATTCAGGGACTGCCGATGTCGGT‑GCAGCCGACACAGCTGGTGACCGAAACCCTGAACGAACGCCAGGCGCGCGTGCTGCCGCTTAACg > 2:804385/1‑254 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |