| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 843,398 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 843,398 | 0 | A | T | 99.7% | 694.8 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (148/143); minor base C (0/1); total (148/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 843,399 | 0 | G | C | 99.7% | 685.0 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (148/142); total (148/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 843,400 | 0 | C | G | 100.0% | 695.3 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (148/144); total (148/144) | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
CACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGC‑TGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCA‑TTGAGCACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGAGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTGCGCCG > CP042583/843119‑843679 ||| cacgcCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGC‑TGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCA‑TTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTgg > 1:1859347/1‑289 (MQ=255) gcCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGC‑TGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCA‑TTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGa < 2:766865/289‑1 (MQ=255) gcCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGC‑TGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCA‑TTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGa < 1:750281/289‑1 (MQ=255) gcCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGC‑TGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCA‑TTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGa < 1:765612/289‑1 (MQ=255) 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gcaTCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTAACTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGC‑TGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCA‑TTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTAGGTCGATTCTGGTGGTGGTGGTACAAAGCTGGGAAGCTTAATCTcgcgccccg > 2:1191425/1‑283 (MQ=255) ctcatgttCTTTTTAACAACAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGTCGAAACTGTATCAAAGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGC‑TGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCA‑TTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTgcg < 2:115059/282‑1 (MQ=255) aTCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCTCGGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGC‑TGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCA‑TTGTCGACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAGGATGAATCTCGCCGCCTgcg > 1:1336272/1‑289 (MQ=255) 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aCCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACAAGTTCATTtcgtcg > 2:1217584/1‑289 (MQ=255) aGGCGATTGGTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGaa > 2:2149786/1‑266 (MQ=255) ggTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGTAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGGTCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGGCGTCGGCCTGCGCCGATTTg > 2:2015992/1‑289 (MQ=255) ggTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTa > 2:800165/1‑238 (MQ=255) ggTACCGGTATGTCGATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTa < 1:800165/238‑1 (MQ=255) ||| CACGCCATGCTACTGGATGTGCTCTCTGAACAGCACGAGCAGCATCAGGATCTGTTTAACAGCAACCGTTTGACCTTCAGCGAAGCGCTGGCGAAACTGTATCAACGTCTTAACCCGCAGATTGATATGGGGCAGCGCACGCCGCAGACCATCGGTGAAGAACTGCTGGATTACCGCAACTATCTGGAAATGGAAGTTGAGGTTAACCGTGGTTCCGATGGC‑TGGCTGCGCGCAGAGTCTGGTGCA‑TTGAGCACCGGTGAGGCGATTGGTACCGGTATGAGCATTCTGGTGATGGTGGTACAAAGCTGGGAAGATGAATCTCGCCGCCTGCGCGGTAAAGATATCTCTCCTTGCCGCCTGCTGTTCCTCGATGAAGCAGCGCGACTGGATGCTCGTTCTATCGCCACGCTGTTTGAATTGTGTGAGCGTTTGCAAATGCAACTCATCATCGCAGCGCCGGAAAATATCAGCCCGGAGAAAGGCACCACCTATAAACTGGTGCGTAAAGTCTTCCAGAATACCGAACACGTTCATGTCGTCGGCCTGCGAGGATTTGCGCCG > CP042583/843119‑843679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |