| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 845,185 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 845,185 | 0 | A | T | 99.2% | 624.0 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 845,186 | 0 | G | C | 98.9% | 607.6 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (131/131); total (133/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 845,187 | 0 | C | G | 99.6% | 625.1 / NA | 267 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (132/134); total (133/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGT‑TGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTA‑‑‑TA‑GC‑CTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATAGCCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAAC‑TCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCAGCAATTTACCGTTCCGCTTCCAGCAGGCTCCAGGCCCACGGAA > CP042583/844914‑845465 ||| cgcCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGT‑TGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTA‑‑‑TT‑CG‑CTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGa > 1:702794/1‑289 (MQ=255) 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ggCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAAC‑TCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCTCGAATTTACCGTTCCGCTTCCAGCAGGCTCCAg < 1:1388893/289‑1 (MQ=255) ggCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAAC‑TCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCTCGAATTTACCGGTCCGCTTCCAGCAGGCTCCAg > 1:912674/1‑289 (MQ=255) gCAATCAGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAAC‑TCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCTCGAATTTACCGTTCCGCTTCCAGCAGGCTCCAg > 1:227739/1‑288 (MQ=255) aGGTGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAAC‑TCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCCCGGCCTCGACTTTAACGTTCCGCTTCCAGCAGGCGCTAGGCCCACg > 2:897060/1‑289 (MQ=255) tGCTGGATTCGCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAAC‑TCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCTCGAATTTACCGTTCCGCTTCCAGCAGGCTCCAGGCCCACg < 1:1895357/286‑1 (MQ=255) ||| TAAACCTGCGCCTGCCGTTCGCGCCGCCTACGATAATGAACTGGTGGAAGCCGTTAAACGTTTTCAGGCATGGCAAGGATTGGGGGCAGATGGTGCTATTGGCCCGGCAACACGTGACTGGTTAAACGTAACGCCCGCCCAGCGTGCTGGTGTGT‑TGGCTCTCAACATCCAGCGATTGCGCTTGCTGCCAACAGAGCTTTCTACCGGGATCATGGTTAACATTCCGGCCTA‑‑‑TA‑GC‑CTGGTCTACTATCAGAACGGCAATCAGGTGCTGGATAGCCGAGTCATTGTCGGTCGCCCCGATCGCAAAACGCCGATGATGAGCAGTGCCCTTAACAACGTAGTGGTAAACCCGCCGTGGAACGTACCTCCAAC‑TCTGGCACGCAAAGATATTCTGCCAAAAGTGCGCAACGATCCGGGATATCTCGAAAGCCATGGCTATACGGTGATGCGCGGCTGGAACAGCAGAGAAGCGATTGACCCATGGCAGGTTGACTGGTCTACAATCACGGCCAGCAATTTACCGTTCCGCTTCCAGCAGGCTCCAGGCCCACGGAA > CP042583/844914‑845465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |