Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 860,905 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 860,906 | 0 | G | C | 99.5% | 465.8 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (106/88); minor base A (0/1); total (106/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 860,907 | 0 | T | A | 100.0% | 470.2 / NA | 195 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (106/89); total (106/89) |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
TTGAATCAATGAATTACTCGTTCAGTTAATATTTAAATATTCATGAAATCTATAAATTAAAGATTTGTCACTTATTGGATTTAGTATGCTTGATTTAAATGGCGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCAGTGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTGATGTGCCAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTACCGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCAGTTCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAAT > CP042583/860635‑861185 ||| ttGAATCAATGAATTACTCGTTCAGTTAATATTTAAATATTCATGAAATCTATAAATTAAAGATTTGTCACTTATTGGATTTAGTATGCTTGATTTAAATGGCGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTa > 2:1700674/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |