Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 863,495 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 863,497 | 0 | T | A | 99.3% | 692.6 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (149/139); minor base C (1/1); total (151/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TGTGCCATTACTCCAGCGTCAGGGGCGAATCAAATACGCGGTGACACTGGCGAAATACAGAACCAATAGTAATG‑AACAGCAGGAGAGCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTAGCTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGAGTTATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTA‑TAGCACGAGCGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGAGCCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTAGCTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTAC > CP042583/863215‑863773 ||| tgtgCCATTACTCCAGCGTCAGGGGCGAATCAAATACGCGGTGACACTGGCGAAATACAGAACCAATAGTAATG‑AACAGCAGGAGAGCAAATTTGCCCAGGCCACGTTGCAGTGGGGCGGACCGTGGGGAACGACCTGGTATGGTGGTGGACAATATGCTGAATATTACCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGt > 1:1356604/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |