| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 863,663 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 863,663 | 0 | A | T | 99.7% | 744.8 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (172/139); minor base C (0/1); total (172/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 863,664 | 0 | G | C | 99.4% | 724.9 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (172/136); total (172/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 863,665 | 0 | C | G | 99.7% | 739.2 / NA | 312 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (172/138); total (172/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
CCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTAGCTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGAGTTATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATAGCACGAGCGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGAGCCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTAGCTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTAGCCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGA > CP042583/863383‑863941 ||| tGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTAc > 1:2168408/1‑289 (MQ=255) tGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTAc > 1:1795058/1‑289 (MQ=255) ccgccATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGAATAAGATACGCCGATGGGGTCGCGTTATTACaa > 2:818873/1‑289 (MQ=255) tGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTAATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTACAATTTGtt < 2:1070222/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |