| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 864,970 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 864,970 | 0 | A | T | 99.3% | 657.3 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (140/136); minor base G (2/0); total (142/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 864,971 | 0 | G | C | 99.6% | 668.6 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (141/136); total (142/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 864,972 | 0 | C | G | 100.0% | 664.8 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (142/136); total (142/136) | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGAGTTTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAAAGCAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATAGTCCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTATTGCAGGTTAAAGGCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTT > CP042583/864690‑865248 ||| gTCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAGGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGat > 1:1403580/1‑289 (MQ=255) tCATATCAATTACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGatt > 1:1877202/1‑289 (MQ=255) tACGAGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGttt > 1:1464562/1‑288 (MQ=255) aGCTTACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGAAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAACTTTTATCAGTGGAACGAAGCGAATGATTATTAAGTTTCCtgt > 2:480233/1‑289 (MQ=255) tACCGCACAACAAATTAACGCGGCTAATACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCTTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTGAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATCGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGAtt < 2:1611524/289‑1 (MQ=255) tACCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGAtt > 1:1517539/1‑289 (MQ=255) aCCGAACAACAAATTAACTCTGCGATTACGCGAATGGATGCCATATGCAGATAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGAtt > 1:1450747/1‑288 (MQ=255) 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aTAATCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGAtt < 2:943246/286‑2 (MQ=255) aaTCTTTGGAGAAAAATGCGTGTCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGAttcaccg < 1:2109758/289‑7 (MQ=255) aaTCTTTGGAGAAAAATGCGTATCATTACTACGACTATTTTTTGCCGCCGTCTTAATGTTATGGTGCGATCAAACCGCTGCTTATAGCAGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGAttcaccg < 1:1313705/289‑7 (MQ=255) 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ttATGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGttt < 2:806290/289‑1 (MQ=255) aTGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTa > 2:1191619/1‑289 (MQ=255) aTGGTGCGCTCAAACCGCTGCTTATAGCGGGCAGTGTCATACTACTCAGGGGAATCCGTATATTGGCGTCAATTTTGGCGTTAAAACCCTGGAGGAAGAAGCAAATACGGCAGGGGTAGTTAAAGACAAATTTTATCAGTGGAACGAATCGAATGATTATTATGTTTCCTGTGATTGCGATAAAGACAATGTCAGAAGTGGCCGATGGGCATTCGCCGCGGATTCACCGTTAGTCTATTTAGGCGACAACTGGTACAAAATTAATGACTATCTTGCCGCCAAAGTTTTa > 1:1222310/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |