| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 865,402 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 865,402 | 0 | A | T | 99.6% | 633.9 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (143/120); total (144/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 865,403 | 0 | G | C | 100.0% | 631.3 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (144/120); total (144/120) | |||||||||||
| * | CP042583 | 865,404 | 0 | T | A | 100.0% | 634.4 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (144/120); total (144/120) | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GCAGTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCAGCGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCT > CP042583/865124‑865680 ||| gCAGTTCTCCTGCGGCGGTTCCTTGCGAAAAGGTGGGCACAGGGGGGGATACCGGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGct < 2:502507/288‑2 (MQ=255) gTTCTCCTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTCTGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTCCAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGctcatg > 1:2183372/1‑284 (MQ=255) cTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGt < 1:1755962/289‑1 (MQ=255) ggggCACAGGGGGGGATACCCGATGGGATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAg < 2:1644281/287‑1 (MQ=255) 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