Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 865,411 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 865,411 | 0 | A | T | 99.2% | 618.5 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 865,412 | 0 | G | C | 99.2% | 617.8 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (139/119); minor base A (2/0); total (141/119) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 865,413 | 0 | T | A | 100.0% | 627.2 / NA | 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (141/119); total (141/119) |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCAGCGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATAGTCTTGGCAGTTGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGTGTTGTAGGGCATAAACCTCTTGGGGCCAGAACGGCAGAACTTGCAATTCCAGTCAGGTGTAACACGGGAAACGCGGGATTAGTTAATGTCAACCTGAGTCTGACGGCAACCACAGACCCCAGCTATCCCCAGGCGATTAAGACGAGTCGTCCTGGCGTGGGCGTGGTGGTGACCGATAGCCAGAACAACATTATTTCCCCT > CP042583/865133‑865680 ||| cTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGt < 1:1755962/289‑1 (MQ=255) cTACTGCGGTTCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGt < 2:193429/289‑1 (MQ=255) tCCTTTCGAAAACGTGGGCACAGGGGGGGATACCCGATGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGga < 1:1469204/289‑1 (MQ=255) tGGGCACAGGGGGGGATACCCGAGGGCATATTTGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAg < 2:2167552/288‑1 (MQ=255) 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tGCGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTcc < 1:1523712/289‑1 (MQ=255) cGACCCTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCgt > 1:1624781/1‑289 (MQ=255) cTGGGGGTCGACGTTAAGGTGGGCAGGGGGCCAGCGGTAATGGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAGCATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGtgttgt < 2:524554/289‑1 (MQ=255) cTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGtgttgt < 1:2028054/289‑1 (MQ=255) cTGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATGTCTTCGCTGCCAATTTCCGtgttgt < 1:51317/289‑1 (MQ=255) tGGCGGTCAACGTTTAGGTGGGCAGGGGGCAAGCGGTAATAGCGGTAGCTTTTCCCTGAAAATATTGCAGCCGTTCGTTGGCTCGGTCGTCATTCCTCCTATGGCGCTGGCGCGATTATATGAATGCTACAACATACCCGCAGGTGATTCCTGCACGACTACAGGTACACCGGTTTTAGTGTATTACCTGTCTGGTACGATCAATTCACTTGGCTCATGTTCCGTCAATGCCGGAGAGACAATTGAAGTTGATTTAGGTGATg > 1:1872939/1‑263 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |