| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 866,650 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 866,650 | 0 | A | T | 99.7% | 775.0 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (155/167); total (156/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 866,651 | 0 | G | C | 100.0% | 776.8 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (156/168); total (156/168) | |||||||||||
| * | CP042583 | 866,652 | 0 | T | A | 99.7% | 775.7 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (155/167); minor base G (1/0); total (156/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
CCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGAAGCTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCAGCCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTAGTGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATTGCGACCTGTCAATAGCGATGTGCAGAGCGGTAAAGTGAATGCCAGCGCGACATTTGTACTTCATTATGACTAATACGTGGAACAGATTGGCGC > CP042583/866372‑866921 ||| gAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACg > 2:1105232/1‑289 (MQ=255) aTGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAAcccc < 2:1578656/275‑1 (MQ=255) aTGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCaga > 1:1348022/1‑289 (MQ=255) aTGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCaga > 2:1016316/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |