Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 868,561 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 868,561 | 0 | A | T | 99.7% | 706.7 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 868,562 | 0 | G | C | 100.0% | 707.1 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (141/154); total (141/154) | |||||||||||
* | CP042583 | 868,563 | 0 | T | A | 99.7% | 705.0 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (140/154); total (141/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
CTGGATGATCTCTTAACCGCGATTAAAAATAAGCAAAATGATTTGCAAGCGATGCACCATAAATATGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGAGTCTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACAGCGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCAGTCTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTAT > CP042583/868282‑868841 ||| tgatCTCTTAACCGCGATTAAAAATAAGCAAAATGATTTGCAAGCGATGCACCATAAATATGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTaaa < 2:405515/288‑1 (MQ=255) 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CTGGATGATCTCTTAACCGCGATTAAAAATAAGCAAAATGATTTGCAAGCGATGCACCATAAATATGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGAGTCTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACAGCGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCAGTCTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTAT > CP042583/868282‑868841 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |