| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 868,612 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 868,612 | 0 | A | T | 99.7% | 725.8 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 868,613 | 0 | G | C | 99.7% | 729.9 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (134/170); minor base T (1/0); total (136/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 868,614 | 0 | C | G | 99.7% | 732.1 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (136/169); minor base T (0/1); total (136/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
TGCACCATAAATATGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGAGTCTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACAGCGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCAGTCTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGG > CP042583/868334‑868890 ||| atatGTGCCGATCGCAGTTAAGATCGGTCCGGATCTTTTTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATGGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTgcgc < 2:925294/284‑1 (MQ=255) atatGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGaa > 1:420229/1‑289 (MQ=255) atatGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGaa > 1:2029950/1‑289 (MQ=255) atatGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACTCGGTTATCGCTGCGCGTGaa < 1:1221168/289‑1 (MQ=255) 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TGCACCATAAATATGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGAGTCTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACAGCGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCAGTCTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGG > CP042583/868334‑868890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |