| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 868,992 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 868,992 | 0 | A | T | 99.6% | 612.2 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 868,993 | 0 | G | C | 98.8% | 599.8 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (146/108); minor base A (1/2); total (147/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 868,994 | 0 | T | A | 98.8% | 609.3 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (147/108); minor base C (0/3); total (147/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
ACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCAGTCGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTGCTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAGG > CP042583/868714‑869268 ||| atatCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCTCACGTTTTgcgcgc < 1:673330/289‑1 (MQ=255) 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ACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCAGTCGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTGCTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAGG > CP042583/868714‑869268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |