| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 884,160 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 884,160 | 0 | A | T | 99.1% | 515.7 / NA | 219 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); new base T (98/119); total (100/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 884,161 | 0 | G | C | 99.1% | 515.4 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (99/116); minor base A (1/1); total (100/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 884,162 | 0 | T | A | 99.5% | 515.0 / NA | 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (100/117); total (100/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
CCTGTGAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGT‑GAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAAAGTCAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGAAGTTTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAATTACTATCGGGTTGATGAAAGTCTATGGCGAAATCAACTGAAGCTGGTGCGTCTGAGCAAATATTCTCTCGATGCAGCGCTGAAAGAGAAAAGCACGCGCAATACCCGGGAAA > CP042583/883880‑884436 ||| tgtgAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGT‑GAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTgg < 1:782647/289‑1 (MQ=255) 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cGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCACAGTGCACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAATTACTATCGGGTTGATGAAAGTCTATGGCGAAATCAACTGAAGCTGGTGCGTCTGTCGAAATATTCTCTCGATGCAGCGCTTaa > 1:2105324/1‑271 (MQ=255) cacaATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAATTACTATCGGGTTGATGAAAGTCTATGGCGAAATCAACTGAAGCTGGTGCGTCTGTCGAAATATTCTCTCGATGCAGCGCTGAAAGAGAAAAGCACGCGCAATACCCgg > 1:596425/1‑289 (MQ=255) aTTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAATTACTATCGGGTTGATGAAAGTCTATGGCGAAATCAACTGAAGCTGGTGCGTCTGTCGAAATATTCTCTCGATGCAGCGCTGAAAGAGAAAAGCACGCGCAATACCCGGGaaa < 1:319199/289‑1 (MQ=255) ||| CCTGTGAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGT‑GAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAAAGTCAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGAAGTTTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAATTACTATCGGGTTGATGAAAGTCTATGGCGAAATCAACTGAAGCTGGTGCGTCTGAGCAAATATTCTCTCGATGCAGCGCTGAAAGAGAAAAGCACGCGCAATACCCGGGAAA > CP042583/883880‑884436 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |