Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 478,487 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 478,487 | 0 | A | T | 100.0% | 502.2 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 478,488 | 0 | G | C | 100.0% | 497.6 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (97/112); total (97/112) | |||||||||||
* | CP042583 | 478,489 | 0 | C | G | 99.0% | 496.7 / NA | 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (95/112); minor base T (2/0); total (97/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
TTTGGTGCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGAGCGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCAGTCAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTAGCCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACTGGTGGATCGCAGCGGTAAGCACGATCTGGCCGATTTACGCAGTTTACAGGACTGGTTTCTCAAATATGAGCTGAAAACCATCCCTGACGTTGCGGAAGTGGCGAGCGTGGGCGGTGTGGTGAAAGAGTATCAGGTGGTTATCGATCCCCAGCGCCTGGCGCAGTATGGCATC > CP042583/478207‑478768 ||| gCTGATGGGCGCGTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGa < 1:1543479/288‑1 (MQ=255) cgcgTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCaa > 1:1193236/1‑288 (MQ=255) gcgTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAAc < 1:1780658/288‑1 (MQ=255) cgTTGTTTCTGAGCATCTGGGGCACCTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAAcc < 1:1993321/288‑1 (MQ=255) 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gggggCACCTGGACCGTCATTAATTCGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGAAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGctgc < 2:865750/288‑1 (MQ=255) cTGGACCATCATTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCt < 1:476228/258‑1 (MQ=255) attatTAATACGCCAGTGGAACGGCTCGAGGATCTATACGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGGAAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAgcg < 2:2061191/286‑1 (MQ=255) tcatTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAgcgc < 2:808314/289‑1 (MQ=255) tcatTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAgcg > 2:679481/1‑288 (MQ=255) tcatTAATACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTAAACCAGGTACAGTGTAAGCTGCCTGCGGGAGCCAgcg > 2:414931/1‑288 (MQ=255) aTACGCCAGTGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGcg > 2:1418929/1‑288 (MQ=255) tGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGa > 2:925844/1‑289 (MQ=255) tGGATGCGCTGCCGGATCTCTCCGATCTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTAGGCGACCCTTATGTGGATGTCAGTTTCGAAGATGGCACCGATCGGTACTGGGCGCGTTCGCGGGCGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGTGTAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGACGAGCTGGGGCCAGa > 2:628746/1‑289 (MQ=255) 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ctcCGATGTGCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCCGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGGCCAGGGTGTTGGCTgg > 2:1260019/1‑289 (MQ=255) tgtgCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTa < 2:1746714/288‑1 (MQ=255) tgtgCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTa < 1:1364117/288‑1 (MQ=255) tgtgCAGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACAACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTa < 1:582389/288‑1 (MQ=255) aGGTTATTATTAAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTa < 2:962217/283‑1 (MQ=255) tgtttattaAGACCAGCTATCCCGGTCAGGCCACAAAAATCGTTGCAAATCAGGTGACTTATCCGCGAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGGGCGGTTTCACACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATg < 2:277111/285‑1 (MQ=255) tattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACtg > 1:2065467/1‑289 (MQ=255) tattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTTGGCTGGATCTATGAATATGCACtg < 1:1863165/289‑1 (MQ=255) tattaAAACCAGCTATCCCGGTCAGGCACCACAAATCGTTGAAAATCAGGTGACTTATCCGCTAACCACCACCATGTTGTCGGTGCCTGGCGCGAAGACTGTGCGCGGTTTCTCACAGTTTGGCGACTCTTATGTGTATGTCATTTTCGAAGATGGCACCGATCCGTACTGGGCGCGTTCGCGGGTGCTGGAGTACCTCAACCAGGTACAGGGTAAGCTGCCTGCGGGAGTCAGCGCCGAGCTGGGGCCAGATGCCACGGGTGTGGGCTGGATCTCTggaagtgcccgg > 2:1185844/1‑278 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |